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J-GLOBAL ID：201302279757419229   整理番号：13A0136483

β-チューブリン(β-tub)DNAバーコードマーカーを用いたWickerhamomyces anomalus及び関連分類群の種同定

Species identification of Wickerhamomyces anomalus and related taxa using β-tubulin (β-tub) DNA barcode marker

著者 (3件)： HUANG Chien-Hsun (Food Ind. Res. and Dev. Inst., Hsinchu, TWN) ,  CHANG Mu-Tzu (National Health Res. Inst., Zhunan, TWN) ,  HUANG Lina (Food Ind. Res. and Dev. Inst., Hsinchu, TWN)
資料名： Yeast  (Yeast)
巻： 29  号： 12  ページ： 531-535  発行年： 2012年12月 
JST資料番号： B0587A  ISSN： 0749-503X  CODEN： YESTE3  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Wickerhamomyces属菌株に対する代替バーコードマーカーとしてβ-チューブリン(β-tub)部分遺伝子配列を分析し,β-tub遺伝子の有用性を評価するためにリボソームの内部転写スペーサー領域(ITS)及び大形サブユニット(D1/D2 LSU)の両領域のそれらと比較した。加えて,β-tub遺伝子を標的とする一対の種特異的PCRプライマーをデザイン化して評価した。なお,本検討では参考株としてW.anomalusの18菌株及びその系統発生的に関連のある菌株を用いた。β-tub遺伝子の比較配列分析によりテストしたWickerhamomyces属全菌株は密接に関連する菌種から識別できた。加えて,β-tub遺伝子に基づいて開発した種特異的プライマーはWickerhamomyces菌株の鋳型DNAによるPCRに使用され,単一218bpの種特異的バンドがW.anomalusにだけ見出された。β-tub遺伝子の配列はLSUのそれよりも有意により多形であったことから,Wickerhamomycesクレードの識別に対して高頻度に適用される遺伝子型マーカーのD1/D2 LSUを補足するべきであると考えた。更に,種特異的PCR法は古典的表現型法及びDNA配列決定と比べると時間的節約やコスト削減の面から有用である。従って,β-tub遺伝子の分子標的は直接配列決定及び種特異的PCRを用いたW.anomalus及びその系統発生的に密接な関連種の識別及び同定に対する理想的バーコードマーカーであると推定した。

シソーラス用語： *酵母 ,  *バーコード ,  DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列 ,  *チューブリン ,  遺伝子 ,  リボソーム ,  ケモタキソノミー ,  rRNA ,  *種差 ,  *PCR法 ,  プライマー【遺伝】 ,  分子設計 ,  鋳型【遺伝】 ,  経済性
準シソーラス用語： 26S rDNA ,  *DNAバーコード ,  ITS領域 ,  LSU ,  *Wickerhamomyces anomalus ,  *βチューブリン ,  *β-tub遺伝子 ,  *酵母分類 ,  種特異性 ,  *種特異的PCR ,  種特異的プライマー ,  分子デザイン

分類 (2件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： チューブリン ,  DNAバーコード ,  マーカー ,  Wickerhamomyces ,  分類 ,  種同定