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J-GLOBAL ID：201302280129513842   整理番号：13A1624553

遺伝子発現:既知の病気と関連するドライバー座位と推定されるトランスに働くeQTLの系統的同定

Systematic identification of trans eQTLs as putative drivers of known disease associations

著者 (40件)： WESTRA Harm-Jan (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  ZHERNAKOVA Alexandra (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  ZHERNAKOVA Daria V (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  KARJALAINEN Juha (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  WITHOFF Sebo (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  FRANKE Lude (Univ. Groningen, Groningen, NLD) ,  PETERS Marjolein J (Erasmus Medical Centre Rotterdam, Rotterdam, NLD) ,  UITTERLINDEN Andre G (Erasmus Medical Centre Rotterdam, Rotterdam, NLD) ,  RIVADENEIRA Fernando (Erasmus Medical Centre Rotterdam, Rotterdam, NLD) ,  VAN MEURS Joyce B J (Erasmus Medical Centre Rotterdam, Rotterdam, NLD) ,  PETERS Marjolein J (Netherlands Genomics Initiative-sponsored Netherlands Consortium for Healthy Aging (NGI-NCHA), Leiden and Rotterdam, NLD) ,  UITTERLINDEN Andre G (Netherlands Genomics Initiative-sponsored Netherlands Consortium for Healthy Aging (NGI-NCHA), Leiden and Rotterdam, NLD) ,  HOFMAN Albert (Netherlands Genomics Initiative-sponsored Netherlands Consortium for Healthy Aging (NGI-NCHA), Leiden and Rotterdam, NLD) ,  RIVADENEIRA Fernando (Netherlands Genomics Initiative-sponsored Netherlands Consortium for Healthy Aging (NGI-NCHA), Leiden and Rotterdam, NLD) ,  VAN MEURS Joyce B J (Netherlands Genomics Initiative-sponsored Netherlands Consortium for Healthy Aging (NGI-NCHA), Leiden and Rotterdam, NLD) ,  ESKO Tonu (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  REINMAA Eva (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  FISCHER Krista (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  NELIS Mari (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  MILANI Lili (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  PEROLA Markus (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  METSPALU Andres (Univ. Tartu, Tartu, EST) ,  YAGHOOTKAR Hanieh (Univ. Exeter Medical School, Exeter, GBR) ,  FRAYLING Timothy M (Univ. Exeter Medical School, Exeter, GBR) ,  SCHURMANN Claudia (Univ. Medicine Greifswald, Greifswald, DEU) ,  HOMUTH Georg (Univ. Medicine Greifswald, Greifswald, DEU) ,  VOELKER Uwe (Univ. Medicine Greifswald, Greifswald, DEU) ,  TEUMER Alexander (Univ. Medicine Greifswald, Greifswald, DEU) ,  KETTUNEN Johannes (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  RIPATTI Samuli (Univ. Helsinki, Helsinki, FIN) ,  KETTUNEN Johannes (National Inst. for Health and Welfare, Helsinki, FIN) ,  PEROLA Markus (National Inst. for Health and Welfare, Helsinki, FIN) ,  SALOMAA Veikko (National Inst. for Health and Welfare, Helsinki, FIN) ,  RIPATTI Samuli (National Inst. for Health and Welfare, Helsinki, FIN) ,  CHRISTIANSEN Mark W (Univ. Washington, Washington, USA) ,  BRODY Jennifer (Univ. Washington, Washington, USA) ,  PSATY Bruce M (Univ. Washington, Washington, USA) ,  FAIRFAX Benjamin P (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  MAKINO Seiko (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR) ,  KNIGHT Julian C (Wellcome Trust Centre for Human Genetics, Oxford, GBR)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 45  号： 10  ページ： 1238-1243  発行年： 2013年10月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 病気と関連するSNPの下流の影響を調べることは簡単ではない。この問題を解決するため,5,311人のトランスフォーメーションをしていない末梢血サンプルを用いて,発現量的形質座位(eQTL)メタ解析を行い,2,775人で追試を行った。これまでにゲノムワイドの有意性で多因子疾患との関連が示された233のSNP(103の独立した座位)に対するトランスeQTLを,再現性をもって同定した。これらのSNPのうちのいくつかは,患者で発現が変化している複数の遺伝子に対しトランスに作用していた。すなわち,これまでに全身性エリテマトーデス(SLE)と関連するとされているrs4917014がC1QBと5つのI型インターフェロン反応性遺伝子の発現を変化させていた。これらの遺伝子はどちらもSLEの特徴とされている。深読みSAGE RNA塩基配列決定によって,rs491794がIKZF1の3’UTRの発現をシスに強く変化させていることが分かった。クロマチン免疫沈降とトランスに調節される遺伝子の配列決定解析により,IKZF1が原因遺伝子と考えられた。コレステロール代謝と1型糖尿病と関連する多型に関しても同様の現象が見られたことから,大規模eQTLマッピングが,疾患と関連する多くの多型の下流の影響を調べる上で洞察を与えてくれることが示された。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： *量的形質遺伝子座 ,  遺伝子発現 ,  ヒト ,  末梢血 ,  *一塩基多型 ,  全身性エリテマトーデス ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝子 ,  遺伝子地図 ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： *eQTL ,  IKZF1遺伝子 ,  SNP

分類 (1件)： 遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (9件)： 遺伝子発現 ,  病気 ,  ドライバー ,  座位 ,  推定 ,  トランス ,  eQTL ,  系統 ,  同定