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J-GLOBAL ID：201302286507833468   整理番号：13A1341511

マイクロアレイ遺伝子発現データ統合のバッチ効果除去手法:調査

Batch effect removal methods for microarray gene expression data integration: a survey

著者 (16件)： LAZAR Cosmin (Vrije Universiteit Brussel(VUB), BEL) ,  MEGANCK Stijn (Vrije Universiteit Brussel(VUB), BEL) ,  TAMINAU Jonatan (Vrije Universiteit Brussel(VUB), BEL) ,  STEENHOFF David (Vrije Universiteit Brussel(VUB), BEL) ,  STEENHOFF David (Hanoi Univ. Technol.) ,  COLETTA Alain (Univ. Libre de Bruxelles(ULB), BEL) ,  COLETTA Alain (Manchester Univ.) ,  MOLTER Colin (Univ. Libre de Bruxelles(ULB), BEL) ,  MOLTER Colin (RIKEN-Brian Sci. Inst.) ,  MOLTER Colin (Ecole Polytechnique Federale de Lausanne) ,  WEISS-SOLIS David Y. (Univ. Libre de Bruxelles(ULB), BEL) ,  WEISS-SOLIS David Y. (IRIDIA) ,  DUQUE Robin (Univ. Libre de Bruxelles(ULB), BEL) ,  BERSINI Hugues (Univ. Libre de Bruxelles(ULB), BEL) ,  NOWE Ann (Vrije Universiteit Brussel(VUB), BEL) ,  NOWE Ann (Universiteit Gent, BEL)
資料名： Briefings in Bioinformatics  (Briefings in Bioinformatics)
巻： 14  号： 4  ページ： 469-490  発行年： 2013年07月 
JST資料番号： W2342A  ISSN： 1467-5463  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異なるマイクロアレイ遺伝子発現(MAGE)データセット間のばらつきの主な原因は,いわゆるバッチ効果によるものと考えられる。バッチ効果によってもたらされた不要な変位を除去した上でデータを統合する手法を検討した。手法はデータ統合プロセスの効率及び品質を評価する上で必須な幅広い評価ツールと共に,統一フレームワークに示されている。大規模解析のためのMAGEデータ統合の適切なツールを選択する際にユーザーを支援するいくつかの基本的な勧告と共に,MAGEデータ統合の方法論の体系的な説明を提供し,その効率を定量化するための評価方法について説明する。

シソーラス用語： 遺伝子発現 ,  *DNAマイクロアレイ ,  *データ融合 ,  フレームワーク【ソフトウェア開発】 ,  分散【variance】 ,  効果
準シソーラス用語： *データ統合 ,  バッチ効果 ,  ばらつき

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： マイクロアレイ遺伝子発現 ,  データ統合 ,  バッチ ,  手法 ,  調査