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J-GLOBAL ID：201302287248101646   整理番号：13A1143973

スウェーデンおよびフィンランドの赤牛のゲノムワイドマーカー遺伝子型を補完する異なる方法の比較

Comparison of different methods for imputing genome-wide marker genotypes in Swedish and Finnish Red Cattle

著者 (6件)： MA P. (Centre for Quantitative Genetics and Genomics, Dep. of Molecular Biology and Genetics, Aarhus Univ., DK 8830 Tjele, DNK) ,  MA P. (Key Lab. of Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agriculture, Dep. of Animal Genetics and Breeding, Coll. ...) ,  BRONDUM R.f. (Centre for Quantitative Genetics and Genomics, Dep. of Molecular Biology and Genetics, Aarhus Univ., DK 8830 Tjele, DNK) ,  ZHANG Q. (Key Lab. of Animal Genetics and Breeding of the Ministry of Agriculture, Dep. of Animal Genetics and Breeding, Coll. ...) ,  LUND M.s. (Centre for Quantitative Genetics and Genomics, Dep. of Molecular Biology and Genetics, Aarhus Univ., DK 8830 Tjele, DNK) ,  SU G. (Centre for Quantitative Genetics and Genomics, Dep. of Molecular Biology and Genetics, Aarhus Univ., DK 8830 Tjele, DNK)
資料名： Journal of Dairy Science  (Journal of Dairy Science)
巻： 96  号： 7  ページ： 4666-4677  発行年： 2013年07月 
JST資料番号： C0282A  ISSN： 0022-0302  CODEN： JDSCAE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究は,参照及びテストデータセットの個々のマイナーアレル頻度と関連性の両方を考慮し,異なる方法の補完精度を検討した。スウェーデン及びフィンランド赤牛の複合集団から得た2つのデータセットを用い,これらの要因が補完精度に及ぼす影響を検討した。データセット1は,2931頭の参照未去勢雄牛及び971頭のテスト未去勢雄牛から構成され,3000マーカー(3K)から54000(54K)までの補完の検証に用いた。データセット2は,参照セットの341頭の未去勢雄牛及びテストセットの117頭の未去勢雄牛を含み,54Kから高密度[777000マーカー(777K)]までの補完の検証に用いた。両方のテストセットを,参照集団との関係に従い4群に分けた。5つの補完法(Beagle,IMPUTE2,findhap,AlphaImpute,およびFImpute)を本研究で用いた。補完精度はアレル補正率及び補完遺伝子型と真の遺伝子型との相関として測定した。結果は,精度は3Kから54Kまで補完する時,54Kから777Kまでと比べ,低いことを証明した。アレル補正率は,3Kから54Kまでの補完の場合は93.5~97.1%,及び54K~777Kまでの補完の場合は97.1~99.3%と幅があった;IMPUTE2及びBeagleはより高い精度をもたらし,3Kから54Kまでの補完の場合,様々な条件下で他の3方法よりもロバストであった。FImputeを用いた補完の精度は,54Kから高密度までの補完の場合,BeagleおよびIMPUTE2から得た結果と同様であり,残りの2方法よりも高かった。また,結果は,テストセットおよび参照セットとの間の関係が近いほど,すべての方法で,より高い精度につながることを明らかにした。さらに,マイナーアレル頻度が低いほど補正率は高かったのに対し,マイナーアレル頻度が低いほど相関係数は低かった。結果は,BeagleおよびIMPUTE2が最もロバストで正確な補完精度を提供することを示唆するが,計算時間およびメモリ使用量を考慮すると,FImputeがもう一つの代替方法である。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ウシ ,  家畜育種 ,  スウェーデン王国 ,  フィンランド共和国 ,  *遺伝子型 ,  *補完 ,  *DNAマーカー ,  予測技法 ,  集合 ,  データ ,  DNAマイクロアレイ ,  *遺伝子頻度 ,  *精度 ,  検証 ,  補正 ,  比較 ,  個体群 ,  種畜 ,  雄性 ,  ロバスト性 ,  性質
準シソーラス用語： データセット ,  遺伝的関連性 ,  *予測精度

分類 (2件)： 飼育動物の育種  (FD01020R) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： スウェーデン ,  フィンランド ,  赤 ,  牛 ,  遺伝子型 ,  補完