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J-GLOBAL ID：201302287932118957   整理番号：13A1393521

自然生化学過程においてアルセナートはホスフェートを置換できるか?計算研究

Can Arsenates Replace Phosphates in Natural Biochemical Processes? A Computational Study

著者 (3件)： JISSY A. K. (Indian Inst. Sci. Education and Res. Thiruvananthapuram, Kerala, IND) ,  DATTA Ayan (Indian Inst. Sci. Education and Res. Thiruvananthapuram, Kerala, IND) ,  DATTA Ayan (Indian Assoc. Cultivation of Sci., West Bengal, IND)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 28  ページ： 8340-8346  発行年： 2013年07月18日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リボースとグルコースリン酸化を理解するため既報告グルコキナーゼ結晶構造からモデル系を構築した。ATPとリン酸塩/ヒ酸塩供与体としてヒ酸化ATPを考慮したモデル系のQM/MMを計算した。酵素反応を理解する速度論ツールの同位体効果(IE)は結合切断部位以外の部位の同位体交換が反応速度変化を生じれば二次IEとして結合形成/切断部位から物理的に離れた官能基/弱結合分子の運動役割情報を提供する。ヒ酸化/リン酸化に及ぼす速度論的溶媒IEを調べた。溶媒IEは係わる原子が溶媒分子のときでも同位体交換が反応速度に及ぼす効果である。グルコキナーゼ結晶構造に存在するQM/MM計算中QM水準で調べた水分子三個の重水素化を考慮した。三個のH₂O/D₂O分子は遷移状態で組合せ運動しており,水がリン酸化に及ぼす二次速度論的IEを調べるため解析できた。

シソーラス用語： *グルコキナーゼ ,  結晶構造 ,  酵素反応 ,  *リン酸化 ,  ヒ酸塩 ,  リン酸塩 ,  シミュレーションモデル ,  *同位体効果 ,  *同位体交換 ,  反応速度 ,  *溶媒効果 ,  化学結合 ,  開裂反応 ,  結合部位 ,  弱結合 ,  擬回転 ,  回転障壁 ,  求核反応 ,  ポテンシャル障壁 ,  自由エネルギー ,  発熱反応 ,  重水素化 ,  水分子 ,  重水 ,  密度汎関数法 ,  分散処理 ,  基底関数系 ,  分子内力学 ,  生化学 ,  反応機構 ,  遷移状態 ,  アデニンヌクレオチド ,  リボヌクレオチド ,  ヘキソース ,  アルドース ,  ペントース
準シソーラス用語： QM/MM法【分子力学】 ,  アルセナート ,  ホスファート ,  活性化障壁 ,  官能基 ,  擬似回転 ,  結合形成 ,  結合切断 ,  生化学過程 ,  反応モデル ,  密度汎関数理論計算

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (3件)： ATP ,  グルコース ,  リボース

タイトルに関連する用語 (6件)： 生化学過程 ,  アルセナート ,  ホスフェート ,  置換 ,  計算 ,  研究