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J-GLOBAL ID：201302288200210644   整理番号：13A1719978

蛋白質-蛋白質界面における電場を予測する適応Poisson-Boltzmannソルバを用い静電場計算を最適化する I サンプリングとフォーカシング

Optimizing Electrostatic Field Calculations with the Adaptive Poisson-Boltzmann Solver to Predict Electric Fields at Protein-Protein Interfaces. I. Sampling and Focusing

著者 (2件)： RITCHIE Andrew W. (Univ. Texas at Austin, Texas, USA) ,  WEBB Lauren J. (Univ. Texas at Austin, Texas, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 39  ページ： 11473-11489  発行年： 2013年10月03日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 適応PBソルバ(APBS)を用い単量体状態と4個のRap構築物をドッキングした両者の6個のニトリル標識付けRalGDS蛋白質の連続体溶媒和モデルを用い静電気学計算を行った。プローブ部位に対する種々の箱位置の効果を調べ,APBSの計算精度を最適化するため反応場法と線形PB方程式(LPBE)に対する数値解を比較した。構造ゆらぎをモデル化するため,構造集団を発生し適切次元数のPMF景観バイアスで適切重付けした一次元と二次元アンブレラサンプリングを用いた。APBSが反応場を用いる蛋白質の静電場計算と同様に数値解を用いる振動吸収周波数変化に対し静電場変化比較の実行可能法であることを決定した。数値LPBE計算の絶対値間の実験に対する定量的相関は二段階フォーカシングを用いる二段階箱位置を考慮することにより増加したが,反応場法では二段階箱はまさに関心事の中心であった。

シソーラス用語： *GTP結合タンパク質 ,  GTPアーゼ ,  *標識法 ,  ニトリル ,  *溶媒和 ,  電気力学 ,  モデル ,  連続体 ,  単量体 ,  ドッキング ,  Poisson-Boltzmann方程式 ,  応用プログラム ,  静電場 ,  最適化 ,  *反応場 ,  統計集団 ,  標本抽出 ,  数値解法 ,  電位 ,  ポテンシャル ,  測定データ ,  プログラムパッケージ ,  力の場 ,  分子動力学 ,  数値計算 ,  Coulombポテンシャル ,  焦点合せ ,  ゆらぎ ,  次元 ,  絶対値 ,  誘電率 ,  確率分布
準シソーラス用語： AMBER ,  Rap GTP結合蛋白質 ,  Ral G蛋白質 ,  アンブレラサンプリング ,  ソフトウェアパッケージ ,  ソルバ ,  フォーカシング ,  吸収エネルギー ,  構造ゆらぎ ,  次元数 ,  実験データ ,  振動吸収 ,  数値解 ,  静電ポテンシャル ,  静電気学 ,  蛋白質ドッキング ,  標識付け ,  平均力ポテンシャル ,  誘電定数 ,  連続体モデル

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (11件)： 蛋白質 ,  界面 ,  電場 ,  予測 ,  適応 ,  ソルバ ,  静電場 ,  計算 ,  最適化 ,  サンプリング ,  フォーカシング