Enrichr:双方向性の協調的なHTML5遺伝子リスト濃縮分析ツール

CHEN Edward Y; TAN Christopher M; KOU Yan; DUAN Qiaonan; WANG Zichen; MEIRELLES Gabriela Vaz; CLARK Neil R; MA’AYAN Avi

文献

J-GLOBAL ID：201302288627932772 整理番号：13A1597204

Enrichr:双方向性の協調的なHTML5遺伝子リスト濃縮分析ツール

Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool

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資料名：
巻： 14 号： Apr ページ： 14:128 (WEB ONLY) 発行年： 2013年04月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

哺乳類細胞の遺伝子およびタンパク質のシステム規模プロファイリングは,新しい知見を抽出するために,その協同機能をさらに解析する必要のある差次的発現を示す遺伝子/タンパク質のリストを生み出す。一度,このような実験により遺伝子あるいはタンパク質の偏りのあるリストが作製されると,これらのリストは,遺伝子セットライブラリーに編成された先行知見から作製された既存リストを用いて濃縮を計算するための入力として用いられる。多くの濃縮分析ツールおよび遺伝子セットライブラリーデータベースが開発されてきたが,まだ改善の余地がある。本稿では,JavaスクリプトライブラリーであるData Driven Document(D3)用いた,新しい遺伝子セットライブラリー,濃縮された用語をランク付けする代替手法,濃縮結果を表示する双方向性の様々な可視化法を含むウェブベースおよびモバイルソフトウェアアプリケーション,Enrichrを提示した。このソフトウェアはまた,遺伝子リスト分析を実行するツールに埋め込むことができる。筆者らは,濃縮サインを対応する正常組織のものと比較することにより9つのがん細胞株を解析するためにEnrichrを用いた。多くのがん細胞株においてポリコームグループPRC2の正の制御およびヒストンマークであるH3K27me3の濃縮が共通パターンとして観察された。また,正常骨髄細胞CD33+と比較した場合,K562細胞においてToll様受容体およびインターロイキンシグナル伝達に変化が見られた。このような解析は,正常組織とがん細胞株間の決定的な違いの全体的な可視化を提供するが,さらに他の多くの場面に応用できる。Enrichrは使い易い直感的濃縮分析ウェブベースツールであり,遺伝子リストの協同機能の様々な型の可視化サマリーを提供する。Enrichrはオープンソースであり,オンラインhttp://amp.pharm.mssm.edu/Enrichrにて無料で入手可能である。(翻訳著者抄録)

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分子・遺伝情報処理 , 腫ようの化学・生化学・病理学

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