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J-GLOBAL ID：201302288930165067   整理番号：13A0358238

転写因子の配列特異性のモデル化方法の評価

Evaluation of methods for modeling transcription factor sequence specificity

著者 (40件)： WEIRAUCH Matthew T (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  COTE Atina (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  TALUKDER Shaheynoor (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  MORRIS Quaid D (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  HUGHES Timothy R (Univ. Toronto, Ontario, CAN) ,  WEIRAUCH Matthew T (Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, Ohio, USA) ,  NOREL Raquel (IBM Computational Biology Center, New York, USA) ,  STOLOVITZKY Gustavo (IBM Computational Biology Center, New York, USA) ,  ANNALA Matti (Tampere Univ. Technol., Tampere, FIN) ,  ZHAO Yue (Univ. Pennsylvania, Pennsylvania, USA) ,  RILEY Todd R (Columbia Univ., New York, USA) ,  BUSSEMAKER Harmen J (Columbia Univ., New York, USA) ,  SAEZ-RODRIGUEZ Julio (EMBL-EBI European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  COKELAER Thomas (EMBL-EBI European Bioinformatics Inst., Cambridge, GBR) ,  VEDENKO Anastasia (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  BULYK Martha L (Harvard Medical School, Massachusetts, USA) ,  AGIUS Phaedra (Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA) ,  ARVEY Aaron (Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA) ,  LESLIE Christina (Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, USA) ,  BUCHER Philipp (Swiss Inst. of Bioinformatics, Lausanne, CHE) ,  JAGANNATHAN Vidhya (Swiss Inst. of Bioinformatics, Lausanne, CHE) ,  SCHMID Christoph D (Swiss Inst. of Bioinformatics, Lausanne, CHE) ,  BUCHER Philipp (Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, Lausanne, CHE) ,  CALLAN Curtis G, Jr. (Princeton Univ., New Jersey, USA) ,  MURUGAN Anand (Princeton Univ., New Jersey, USA) ,  CHANG Cheng Wei (Genome Inst. of Singapore, Singapore) ,  SUNG Wing-Kin (Genome Inst. of Singapore, Singapore) ,  CHEN Chien-Yu (National Taiwan Univ., Taipei, TWN) ,  CHEN Yong-Syuan (National Taiwan Univ., Taipei, TWN) ,  CHU Yu-Wei (National Taiwan Univ., Taipei, TWN) ,  GRAU Jan (Martin Luther Univ., Halle-Wittenberg, DEU) ,  GROSSE Ivo (Martin Luther Univ., Halle-Wittenberg, DEU) ,  POSCH Stefan (Martin Luther Univ., Halle-Wittenberg, DEU) ,  JAGANNATHAN Vidhya (Univ. Bern, Bern, CHE) ,  KEILWAGEN Jens (Leibniz Inst. of Plant Genetics and Crop Plant Res., Gatersleben, DEU) ,  KIELBASA Szymon M (Max Planck Inst. for Molecular Genetics, Berlin, DEU) ,  MYSICKOVA Alena (Max Planck Inst. for Molecular Genetics, Berlin, DEU) ,  VINGRON Martin (Max Planck Inst. for Molecular Genetics, Berlin, DEU) ,  KINNEY Justin B (Cold Spring Harbor Lab., New York, USA) ,  KLEIN Holger (MicroDiscovery GmbH, Berlin, DEU)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 31  号： 2  ページ： 126-134  発行年： 2013年02月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノム解析では,DNA結合タンパク質の配列特異性モデルを用いて潜在的な転写因子(TF)結合部位のスキャンが行われる場合が多い。タンパク質のDNA結合特異性をモデル化して学習する方法は多数開発されているが,その系統的な比較は行われていない。本論文ではその種の26種類の方法を,さまざまなファミリーに属する66種類のマウスTFに関するin vitroのタンパク質結合マイクロアレイデータに適用した。9種類のTFに関しては,得られたモチーフモデルをin vivoデータでも評価したところ,in vitro由来の最も優れたモチーフはin vivoデータ由来のモチーフと同程度の性能を示した。今回の結果から,モノヌクレオチドの位置特異的重み行列に基づく単純なモデルを最も優れた方法で訓練したものは,分析した多くのTFに関するさらに複雑なモデルと同程度の性能を示すことがわかったが,特定の場合(今回分析したTFの10%未満)には不十分であった。さらに,最も高性能なモチーフは情報量が比較的少ない場合が多く,これは真核生物のTFの配列選択性に幅広く見られる縮退と整合する。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： *転写因子 ,  DNA結合タンパク質 ,  *結合部位 ,  マウス ,  *ヌクレオチド配列 ,  化学結合 ,  性質 ,  ゲノム ,  *解析 ,  モデリング ,  センサアレイ ,  バイオセンサ ,  *遺伝学実験技術 ,  *確率 ,  情報科学 ,  生物学 ,  選択性
準シソーラス用語： *アルゴリズム解析 ,  バイオインフォマティクス ,  位置選択性 ,  *位置特異的重み行列 ,  結合特異性 ,  蛋白質マイクロアレイ ,  *配列特異性

分類 (3件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 転写因子 ,  特異性 ,  モデル化 ,  評価