文献

J-GLOBAL ID：201302289145163638   整理番号：13A1023334

PI3KとFyn SH3ドメイン折畳み間の過渡的螺旋構造

Transient Helical Structure during PI3K and Fyn SH3 Domain Folding

著者 (8件)： MATSUMURA Yoshitaka (Kansai Medical Univ., Hirakata, JPN) ,  SHINJO Masaji (Kansai Medical Univ., Hirakata, JPN) ,  KIM Seung Joong (Univ. Illinois, Illinois, USA) ,  OKISHIO Nobuyuki (Japanese Red Cross Hokkaido Blood Center, Sapporo, JPN) ,  GRUEBELE Martin (Univ. Illinois, Illinois, USA) ,  KIHARA Hiroshi (Kansai Medical Univ., Hirakata, JPN) ,  KIHARA Hiroshi (Ritsumeikan Univ., Shiga, JPN) ,  KIHARA Hiroshi (Nagoya Univ., Nagoya, JPN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 117  号： 17  ページ： 4836-4843  発行年： 2013年05月02日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 高濃度βシートのSH3ドメインを含む増え続ける蛋白質のリストは天然構造に落ち着く前に小型のαヘリックス中間体を過渡的に集合することが知られている。このような例は低温と同様に圧力ジャンプに見いだすことができる。すなわち,ポリペプチド鎖からα螺旋構造の形成はアミノ酸残基iとi+4間の局所性核形成事象から始まる。λレプレッサ突然変異体に関する以前の研究は過剰ヘリックスを有する過渡状態がall-α型蛋白質においてロバスト性であることを示した。ここでは,src SH3ドメインの以前の研究を二種類の新しいSH3配列,PI3KとFyn突然変異体へ拡張して,このような高濃度ヘリックス過渡状態がこのβシート折畳み間において配列を変動することにいかにロバスト性であるかを示した。円偏光二色性(CD)によって螺旋構造,小角X線散乱によって蛋白質のコンパクト性及び低温ストップドフローCDによって過渡的螺旋集団を定量した。これらの結果は種々のSH3ドメインの折畳み景観上で過渡的小型化高濃度ヘリックス中間体を容易にアクセスできることを示した。分子動力学シミュレーションにおいて,力の場誤差をしばしば過渡的非天然構造に対するせいにした。極めて高速な高濃度αの過渡的な誤った折畳みは天然状態単独の観測よりも更なる力の場の改良に対する一層繊細な試験になるべきことを示唆した。

シソーラス用語： *結合部位 ,  *折畳み構造 ,  *ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ ,  *非受容体型チロシンキナーゼ ,  β構造 ,  ヘリックス構造 ,  過渡現象 ,  温度依存性 ,  圧力効果 ,  リプレッサー ,  突然変異体 ,  ロバスト性 ,  Srcタンパク質 ,  コンパクト性 ,  円偏光二色性 ,  小角X線散乱 ,  ストップトフロー法 ,  配座転移 ,  力の場 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  アミノ酸残基 ,  局所性 ,  核形成 ,  アミノ酸配列 ,  Fyn ,  Fyn蛋白質 ,  SH3ドメイン ,  αヘリックス ,  分子動力学シミュレーション ,  ミスフォールディング ,  計算機利用 ,  利用
準シソーラス用語： PI-3K ,  βシート構造 ,  レプレッサ蛋白質 ,  圧力依存性 ,  過渡状態 ,  蛋白質の誤った折畳み ,  螺旋構造

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： PI3K ,  Fyn ,  SH3ドメイン ,  折畳み ,  螺旋構造