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J-GLOBAL ID：201302290419283501   整理番号：13A1819439

mRNAおよび低分子RNAの高処理能配列解読の実験室間再現性

Reproducibility of high-throughput mRNA and small RNA sequencing across laboratories

著者 (40件)： C’T HOENPeter A (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  PULYAKHINA Irina (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  ANVAR Seyed Yahya (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  LAROS Jeroen F J (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  BUERMANS Henk P J (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  VAN OMMEN Gert-Jan B (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  VAN ITERSON Maarten (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  DEN DUNNEN Johan T (Leiden Univ. Medical Center, Leiden, NLD) ,  C’T HOEN Peter A (Netherlands Bioinformatics Centre, Leiden, NLD) ,  LAROS Jeroen F J (Netherlands Bioinformatics Centre, Leiden, NLD) ,  DEN DUNNEN Johan T (Netherlands Bioinformatics Centre, Leiden, NLD) ,  FRIEDLAENDER Marc R (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  SAMMETH Michael (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  ESTIVILL Xavier (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  GUIGO Roderic (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  MONLONG Jean (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  LIZANO Esther (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  BERTIER Gabrielle (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  FERREIRA Pedro G (Centre for Genomic Regulation (CRG), Catalonia, ESP) ,  FRIEDLAENDER Marc R (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  SAMMETH Michael (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  ESTIVILL Xavier (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  GUIGO Roderic (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  MONLONG Jean (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  LIZANO Esther (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  BERTIER Gabrielle (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  FERREIRA Pedro G (Univ. Pompeu Fabra (UPF), Catalonia, ESP) ,  FRIEDLAENDER Marc R (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  SAMMETH Michael (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  ESTIVILL Xavier (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  GUIGO Roderic (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  MONLONG Jean (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  LIZANO Esther (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  FERREIRA Pedro G (CRG Hospital del Mar Res. Inst., Catalonia, ESP) ,  FRIEDLAENDER Marc R (CIBER in Epidemiology and Public Health (CIBERESP), Catalonia, ESP) ,  ESTIVILL Xavier (CIBER in Epidemiology and Public Health (CIBERESP), Catalonia, ESP) ,  MONLONG Jean (CIBER in Epidemiology and Public Health (CIBERESP), Catalonia, ESP) ,  LIZANO Esther (CIBER in Epidemiology and Public Health (CIBERESP), Catalonia, ESP) ,  ALMLOEF Jonas (Uppsala Univ., Uppsala, SWE) ,  KARLBERG Olof (Uppsala Univ., Uppsala, SWE)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 31  号： 11  ページ： 1015-1022  発行年： 2013年11月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAの配列解読は,転写物の配列および量を全ゲノム的に解析する技術としてますます普及しつつある。しかし,解析法や実験室間のばらつきの原因解明はなお不十分である。これを解決するため,GEUVADISコンソーシアムは,被験者465例のリンパ芽球様細胞株のmRNAおよび低分子RNAの配列を,7つの配列解読施設で多数回の反復を行って解読した。実験室間のばらつきは,もともと小さな生物学的ばらつきと比較して,大幅に小さいと考えられた。実験室による影響は,主として挿入サイズとGC含量の差に認められ,適切に補正することができた。低分子RNAの配列解読では,rRNA断片の配列解読との競合のため,マイクロRNA(miRNA)の量が試料間で大きく異なっていた。これは,miRNAの相対的な定量には影響しなかった。結論として,標準化ならびに無作為化の手順が適切であれば,異なる実験室でRNA配列解読を分担することは可能と考えられる。我々は,RNA-seqデータの技術的偏りを評価するための品質基準と指針の一式を提示する。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： *mRNA ,  *RNA【核酸】 ,  *遺伝学実験技術 ,  *解析 ,  *ヌクレオチド配列 ,  *再現性 ,  組織 ,  プロジェクト ,  *品質基準 ,  *自動分析計 ,  ヒト ,  臨床検査 ,  リンパ球 ,  芽細胞 ,  *次世代シーケンサー ,  *低分子RNA ,  *トランスクリプトーム解析 ,  *ハイスループットヌクレオチド配列決定法
準シソーラス用語： GEUVADISコンソーシアム ,  *Illumina HiSeq2000 ,  *sRNA ,  *トランスクリプトミクス ,  *ハイスループットヌクレオチド配列決定 ,  リンパ芽球様細胞 ,  *実験室間再現性

分類 (4件)： 臨床診断学  (GC03003G) ,  生体計測・解析一般  (EL03010R) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： mRNA ,  低分子RNA ,  能 ,  解読 ,  実験室 ,  再現性