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J-GLOBAL ID：201302291643625490   整理番号：13A0487189

Vitis vinifera DHDPSの構造的,速度論的及び計算による解析がリジン媒介アロステリック阻害の機構に新たな知見を教える

Structural, kinetic and computational investigation of Vitis vinifera DHDPS reveals new insight into the mechanism of lysine-mediated allosteric inhibition

著者 (12件)： ATKINSON Sarah C. (La Trobe Univ., Dep. of Biochemistry, La Trobe Inst. for Molecular Sci., 3086, Melbourne, VIC, AUS) ,  ATKINSON Sarah C. (The Univ. of Melbourne, Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Bio21 Molecular Sci. and Biotechnology Inst., 30 ...) ,  DOGOVSKI Con (La Trobe Univ., Dep. of Biochemistry, La Trobe Inst. for Molecular Sci., 3086, Melbourne, VIC, AUS) ,  DOWNTON Matthew T. (Victorian Life Sciences Computation Initiative, IBM Res. Collaboratory for Life Sciences-Melbourne, 3010, Carlton ...) ,  CZABOTAR Peter E. (The Walter and Eliza Hall Inst. of Medical Res., 3052, Parkville, VIC, AUS) ,  DOBSON Renwick C. J. (The Univ. of Melbourne, Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Bio21 Molecular Sci. and Biotechnology Inst., 30 ...) ,  DOBSON Renwick C. J. (Univ. of Canterbury, Biomolecular Interaction Centre and School of Biological Sciences, Private Bag 4800 ...) ,  GERRARD Juliet A. (Univ. of Canterbury, Biomolecular Interaction Centre and School of Biological Sciences, Private Bag 4800 ...) ,  GERRARD Juliet A. (Industrial Res. Ltd., PO Box 31310, 5040, Lower Hutt, NZL) ,  WAGNER John (Victorian Life Sciences Computation Initiative, IBM Res. Collaboratory for Life Sciences-Melbourne, 3010, Carlton ...) ,  PERUGINI Matthew A. (La Trobe Univ., Dep. of Biochemistry, La Trobe Inst. for Molecular Sci., 3086, Melbourne, VIC, AUS) ,  PERUGINI Matthew A. (The Univ. of Melbourne, Dep. of Biochemistry and Molecular Biology, Bio21 Molecular Sci. and Biotechnology Inst., 30 ...)
資料名： Plant Molecular Biology  (Plant Molecular Biology)
巻： 81  号： 4-5  ページ： 431-446  発行年： 2013年03月 
JST資料番号： W0811A  ISSN： 0167-4412  CODEN： PMBIDB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リジンは植物で最も限定的アミノ酸の1つである。そして,その生合成はジヒドロジピコリン酸合成酵素(DHDPS)によって触媒される経路の第一関与段階の阻害によって慎重に制御される。これは,DHDPSのアロステリック溝へのリジン結合に関与するフィードバック機構によって媒介される。しかし,正確なアロステリック機構はまだ明らかにされていない。本研究は,一般のブドウ,Vitis vinifera(Vv)由来DHDPSのリジン阻害の完全な酵素動力学及び熱力学的解析法を示す。本研究はリジン結合が厳密(細菌DHDPSオーソログと比較して)かつ協同的であることを示す。リジン(2.4Å)に結合する酵素の結晶構造はアロステリック結合部位を特定し,アロステリック及び活性部位における残基の立体構造変化を示す。リジン境界(PDB ID 4HNN)及びリジン遊離(PDB ID 3TUU)構造を比較する分子動力学シミュレーションは,Tyr132(重要触媒部位残基)はリジン結合に対する顕著な回転運動を受けることを示す。これは,触媒三残基によるプロトンリレーがリジン存在下で減弱されることを示唆する。本研究の結果は,一般ブドウ由来DHDPSのアロステリック阻害に関する初めて構造的機構を明らかにする。Copyright 2013 Springer Science+Business Media Dordrecht Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ブドウ ,  生合成 ,  計算機シミュレーション ,  X線構造解析 ,  ヒドロリアーゼ ,  *アロステリック効果 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： *Vitis vinifera ,  アミノ酸生合成 ,  *アロステリック阻害 ,  ジヒドロジピコリン酸シンターゼ ,  酵素動力学 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 果樹  (FC03042G) ,  酵素生理  (EH02020J)

物質索引 (1件)： リジン

タイトルに関連する用語 (7件)： Vitis ,  DHDPS ,  速度論 ,  計算 ,  解析 ,  リジン ,  アロステリック阻害