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J-GLOBAL ID：201302292052527479   整理番号：13A1466085

Chenopodium quinoa(ヒユ科)のゲノムからのLTRレトロトランスポゾンのリバーストランスクリプターゼ断片の分離および特徴付け

Isolation and characterization of reverse transcriptase fragments of LTR retrotransposons from the genome of Chenopodium quinoa (Amaranthaceae)

著者 (3件)： KOLANO Bozena (Univ. of Silesia, Dep. of Plant Anatomy and Cytology, Jagiellonska 28, 40-032, Katowice, POL) ,  BEDNARA Edyta (Univ. of Silesia, Dep. of Plant Anatomy and Cytology, Jagiellonska 28, 40-032, Katowice, POL) ,  WEISS-SCHNEEWEISS Hanna (Univ. of Vienna, Dep. of Systematic and Evolutionary Botany, Rennweg 14, Vienna, AUT)
資料名： Plant Cell Reports  (Plant Cell Reports)
巻： 32  号： 10  ページ： 1575-1588  発行年： 2013年10月 
JST資料番号： E0975A  ISSN： 0721-7714  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： [鍵となるメッセージ]高い不均一性がキノアから分離されたリバーストランスクリプターゼ(rt)の保存ドメイン間で観察された。たった1つのTy1-copia rtが高く増幅された。リバーストランスクリプターゼ配列は,キノア染色体のセントロメア周辺領域において主に存在した。[概要]Ty1-copiaおよびTy3-gypsyの長末端反復レトロトランスポゾンのrtをコードした断片の不均一性,ゲノム量および染色体分布が,Chenopodium quinoaゲノムにおいて解析された。rt遺伝子の保存されたドメインが,縮重オリゴヌクレオチドプライマー対を用いて増幅および特徴付けされた。配列解析は,Ty1-copia rtの半分(51%)およびTy3-gypsy rt断片の39%が完全な読取り枠を含むことを示した。rt配列間の高い不均一性がTy1-copiaおよびTy3-gypsy rtの双方において観察され,Ty1-copiaはアンプリコンTy3-gypsyよりもより不均一であった。分離されたrt断片のほとんどは少ないコピー数でキノアゲノムに存在し,多く増幅したTy1-copia rt配列ファミリーは一つのみであった。Ty1-copia縮重プライマーと共増幅したgypsy様RNアーゼH断片がキノアゲノムにおいて高度に増幅されていることが示され,このことはrtドメインが増幅されないか,あるいはキノアにおけるこのgypsy領域の独立進化した幾つかのgypsyファミリーの高い発現のいずれかを示している。Ty1-copiaおよびTy3-gypsyレトロトランスポゾンの双方とも,キノア染色体のセントロメア周辺ヘテロクロマチンに主に位置していた。他の生物のよく特徴付けられたレトロトランスポゾンファミリーとともに新たに増幅されたrt断片の系統学的解析は,キノアのゲノムにおけるレトロエレメントの主要な系統の同定を可能にし,それらの進化的変遷に関する予備的な洞察を提供した。Copyright 2013 The Author(s) Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： アカザ属 ,  *ヒユ科 ,  植物細胞 ,  ゲノム ,  *レトロトランスポゾン ,  逆転写酵素 ,  動原体 ,  *LTR【ウイルス】 ,  *ヌクレオチド配列 ,  遺伝子 ,  ヘテロクロマチン ,  *分子進化 ,  in situハイブリダイゼーション ,  解析
準シソーラス用語： *Chenopodium quinoa ,  アンプリコン ,  植物ゲノム ,  分子系統解析

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： Chenopodium ,  ヒユ科 ,  ゲノム ,  LTR ,  レトロトランスポゾン ,  リバーストランスクリプターゼ ,  断片