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J-GLOBAL ID：201302292468200061   整理番号：13A0410125

AutoMap: 多重配位子結合モードを用いた蛋白質-配位子認識用のツール

AutoMap: A tool for analyzing protein-ligand recognition using multiple ligand binding modes

著者 (9件)： AGOSTINO Mark (Western Australian Biomedical Res. Inst., Curtin Health Innovation Res. Inst., School of Biomedical Sciences, Curtin ...) ,  AGOSTINO Mark (Medicinal Chemistry, Monash Inst. of Pharmaceutical Sciences, Monash Univ., Parkville, VIC 3052, AUS) ,  MANCERA Ricardo L. (Western Australian Biomedical Res. Inst., Curtin Health Innovation Res. Inst., School of Biomedical Sciences, Curtin ...) ,  MANCERA Ricardo L. (School of Pharmacy, Curtin Univ., GPO Box U1987, Perth, WA 6845, AUS) ,  RAMSLAND Paul A. (Western Australian Biomedical Res. Inst., Curtin Health Innovation Res. Inst., School of Biomedical Sciences, Curtin ...) ,  RAMSLAND Paul A. (Centre for Immunology, Burnet Inst., Melbourne, VIC 3004, AUS) ,  RAMSLAND Paul A. (Dep. of Surgery Austin Health, Univ. of Melbourne, Heidelberg, VIC 3084, AUS) ,  RAMSLAND Paul A. (Dep. of Immunology, Monash Univ., Alfred Medical Res. and Education Precinct, Melbourne, VIC 3004, AUS) ,  YURIEV Elizabeth (Medicinal Chemistry, Monash Inst. of Pharmaceutical Sciences, Monash Univ., Parkville, VIC 3052, AUS)
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 40  ページ： 80-90  発行年： 2013年03月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最も配位子認識に関与している可能性のある蛋白質残基の予測は,構造ベースの薬物設計で非常に価値あるものである。複数の配位子結合モードを考慮することは,配位子認識を検討するための潜在的妥当性があるものであるが,通常,現在利用可能な技術では無視されている。著者らは,かつて,部位マッピング法を提案したが,この方法は,蛋白質-配位子認識の解析で複数の配位子結合モードを考慮した。AutoMapは,かつて開発されたサイトマッピング法の部分的に自動化された実装である。それは,蛋白質結合部位の一般化「サイトマップ」に対して分子ドッキング出力を利用する一連のPerlスクリプトから成った。AutoMapは,目的の蛋白質と配位子アンサンブルの各々のポーズとの間で起きている水素結合およびvan der Waals相互作用を決定した。それは,それらが生じるタンパク質残基に従ってこれらの相互作用を計算し,次いで,計算を正規化し,タンパク質表面へこれらを写像した。相互差用に関係する残基を固有のカットオフに従って選択した。炭水化物-蛋白質およびペプチド-抗体認識を研究する際に良好に作動するための方法を提示した。カットオフ選択を最適化するために自動化された方法を提示し,これらの以前の研究系に対する迅速に適切なカットオフを測定した。キー配位子結合残基の予測を,自動的に最適化されたカットオフを用いたAutoMap,かつて選択されたカットオフを用いたAutoMap,ドッキングからトップにランク付けされたポーズおよびFTMapで採用された予測間で比較した。自動的に最適化されたカットオフを用いたAutoMapを,改良型予測を提供するために提示し,一連の免疫学的関連試験ケースにおける他の方法と比較した。サイトマッピング法も自動化された実装は,迅速最適化および蛋白質-配位子系の幅広い領域を研究する技術展開の機会を提供した。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *結合 ,  *タンパク質 ,  *配位子 ,  *複合体 ,  装置 ,  *分子認識 ,  結合部位 ,  ホットスポット ,  *分子間相互作用 ,  フィンガープリント法 ,  *ドッキング ,  分子化合物 ,  オブジェクト指向言語 ,  計算機プログラム ,  簡易言語 ,  水素結合 ,  van der Waals力 ,  正規化 ,  炭化水素 ,  ペプチド ,  抗体 ,  閾値 ,  測定データ ,  最適化 ,  予測技法 ,  写像
準シソーラス用語： Perl ,  カットオフ値 ,  スクリプト ,  ファンデルワールス相互作用 ,  フィンガープリンティング ,  結合部位認識ツール ,  *蛋白質-配位子結合 ,  *分子ドッキング

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子化合物  (CE02000C) ,  光学情報処理  (BD03060T) ,  図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (5件)： 多重 ,  配位子 ,  結合モード ,  蛋白質 ,  ツール