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J-GLOBAL ID：201302296469136974   整理番号：13A1498650

GPU上の長時間ステップ分子動力学

Long-Timestep Molecular Dynamics on the Graphical Processing Unit

著者 (6件)： SWEET James C. (Univ. Notre Dame, Indiana, USA) ,  NOWLING Ronald J. (Univ. Notre Dame, Indiana, USA) ,  CICKOVSKI Trevor (Eckerd Coll., Florida, USA) ,  SWEET Christopher R. (Univ. Notre Dame, Indiana, USA) ,  PANDE Vijay S. (Stanford Univ., California, USA) ,  IZAGUIRRE Jesus A. (Univ. Notre Dame, Indiana, USA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 8  ページ： 3267-3281  発行年： 2013年08月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーションにおける時間ステップを25~50倍に長くすることにより計算の高速化を図った長時間ステップ分子動力学(LTMD)とGPUの併用により計算時間を短縮したOpenMM LTMD(A)を提案した。同様の思想による既存のLangevinとGPUを組み合わせたOpenMM Langevin(B),通常のGROMACS(C)の三方式の性能を四種の蛋白質について比較した。1251原子からなるラムダリプレッサ蛋白質でAはBに比べて5.8倍,Cに比べて49.7倍の高速化を達成した。ペンタアラニンのヘリックス構造およびビリンNLEのフォールディング動力学についてA,Bを比較し,Aが妥当な結果を与えることを確かめた。

シソーラス用語： *分子動力学 ,  *計算機シミュレーション ,  *高速アルゴリズム ,  レプレッサー ,  ポリアラニン ,  ヘリックス構造 ,  アクチン結合タンパク質 ,  折畳み
準シソーラス用語： ビリン ,  フォールディング ,  リプレッサー蛋白質 ,  *長時間ステップ分子動力学

分類 (4件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J) ,  高分子の立体構造  (CG02031G) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (3件)： GPU ,  長時間 ,  分子動力学