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J-GLOBAL ID：201302297949864909   整理番号：13A0726313

Scotty:差異のある遺伝子発現を測定するRNA-Seq実験をデザインするためのウェブツール

Scotty: a web tool for designing RNA-Seq experiments to measure differential gene expression

著者 (5件)： BUSBY Michele A. (Boston Coll., MA, USA) ,  STEWART Chip (Boston Coll., MA, USA) ,  MILLER Chase A. (Boston Coll., MA, USA) ,  GRZEDA Krzysztof R. (Boston Coll., MA, USA) ,  MARTH Gabor T. (Boston Coll., MA, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 5  ページ： 656-657  発行年： 2013年03月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 発現の差異を検出する実験の力は同じ条件での反複測定で生じる変異から本当の生物学的な差を区別できるかの能力を基礎にしている。RNA-Seq実験ではこの変異は生物学的な変異,技術的に不正確な測定,カウント実験に固有のPoisson偏差に由来している。ここでは,単純なウェブに基礎を置き,複写を統計的に最適化して負担を抑えたツールのScottyを作成した。Scottyの正確性をテストするために差異が分かっているデータベースを使用してシミュレーションして,10000000の読み取り手2つの複製について充分であった。また,公開されおり,利用可能なヒト肝臓のRNA-Seqデータベースを使用して解析を試みた。

シソーラス用語： *遺伝子発現 ,  *RNA【核酸】 ,  データベース ,  シミュレーション
準シソーラス用語： *Webサイト

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 差異 ,  遺伝子発現 ,  RNA-seq ,  実験 ,  デザイン