- 2022 - 2026 ほぼ全ての種間で自然雑種を形成する日本産カンガレイ類の種多様性創出機構の解明
- 2021 - 2026 熱帯の植物多様性の総点検:生物学的種概念に基づいてタイ産単子葉植物の種を捉え直す
- 2020 - 2025 汎熱帯海流散布植物の分布周縁における進化過程の解明
- 2018 - 2023 コバイモ類の種分化:花形態と系統の不一致の要因・独特な分布パターンの成因を探る
- 2016 - 2021 中国横断山脈とマレー半島をつなぐ植物回廊:植物の高い種多様性と南北移動史の解明
- 2013 - 2017 被災した子ども達が大人になるまで-博物館こそができる長期継続型支援システムの構築
- 2013 - 2016 日本産単子葉植物全種の系統関係の解明ー分子に基づく種~目の一貫した分類体系の設立
- 2011 - 2015 特異な性の維持機構とその進化-全く新しい性表現を持つ植物からのアプローチ
- 2008 - 2010 双子葉植物から単子葉植物への進化の道すじの推定-単子葉植物の起源を探る第一段階-
- 2005 - 2006 単子葉植物の大規模分子系統樹の構築と形態・分子データの調和による新分類体系の設立
- 2004 - 2005 生殖的隔離が不完全な種の種維持機構に関する研究
- 2003 - 2004 原始的単子葉植物の隔離分布による集団分化・種分化
- 2001 - 2002 原始の単子葉植物の種レベルの分子分類地理-表現型と遺伝子型の地理的変異の同調性・非同調性に着目して-
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