- 2022 - 2027 離散原像問題の深化と展開
- 2018 - 2023 離散原像問題の解析と応用
- 2017 - 2020 汎がんモジュールとネットワーク解析による制御部分ネットワークの同定
- 2014 - 2019 離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法
- 2014 - 2018 複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法
- 2015 - 2017 データ融合によるタンパク質切断解析および疾患との関連性発見
- 2010 - 2015 離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法
- 2010 - 2012 複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御
- 2007 - 2009 複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明
- 2007 - 2009 グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法
- 2005 - 2009 生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析
- 2007 - 2008 熱ショックタンパク質解析のための機械学習手法
- 2005 - 2007 生命システムの統合的理解のための生物情報ネットワークの構造および動的挙動解析
- 2004 - 2006 構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法
- 2003 - 2005 プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
- 2000 - 2004 ゲノム統合データベースからの知識発見
- 2000 - 2004 高度データベースの構築と検索
- 2001 - 2003 バイオインフォマティクスのための共通パターン抽出アルゴリズムの研究
- 2000 - 2002 cDNAマイクロアレイデータからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
- 1996 - 2000 ゲノムの生物知識情報
- 1998 - 1999 非線形の歪みに対応可能な幾何図形のマッチング・アルゴリズム
- 1997 - 1999 二分決定グラフを知識表現に用いたデータマイニングシステムの開発
- 1995 - 1996 並列及び分散計算とその応用
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