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J-GLOBAL ID：201402203111154023   整理番号：14A0680292

Simpute: 高密度遺伝子型データに対する有効な解法

Simpute: An Efficient Solution for Dense Genotypic Data

著者 (5件)： LIN Yen-Jen (National Tsing Hua Univ., Hsinchu, TWN) ,  CHANG Chun-Tien (National Tsing Hua Univ., Hsinchu, TWN) ,  TANG Chuan Yi (National Tsing Hua Univ., Hsinchu, TWN) ,  TANG Chuan Yi (Providence Univ., Taichung, TWN) ,  HSIEH Wen-Ping (National Tsing Hua Univ., Hsinchu, TWN)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2013  号： Bioinformatics  ページ： 813912 (WEB ONLY)  発行年： 2013年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アレイの基づく技術または大量並行シークエンシング由来の一塩基多型(SNP)データは,欠損データとともに無効にされることが多い。欠損のSNPsは関連解析の結果に偏っている可能性がある。情報の利用を最大にするために,最確値を書き込むことで欠損データを補償するようなインピュテーションが適用されることは多い。この目的のために利用可能なツールをより良く理解するために,国際HapMapフェーズIIIプロジェクト由来の遺伝子型データをランダムに隠すことで創成されるデータについてのBEAGLE,IMPUTE,BIMBAM,SNPMStat,MACHおよびPLINK間のインピュテーション効率を比較する。加えて,アレイプラットホームでのSNPの高分割から利益を得るシンプルインピュテーション(Simpute)と呼ばれる新たなアルゴリズムを提唱する。Simputeはどんな参照データも必要としない。Simputeの最も良い特性は次数(mw+n)の複雑さに関する計算効率であり,nは欠損SNPsの数で,wは欠損SNPsの部位の数で,mは考慮した人の数である。Simputeは,特にサンプル数が大きく,効率が解析の主要な関心事であるときには,大規模なSNP遺伝子型分類の通常のスクリーニングに適している。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 遺伝学実験技術 ,  *一塩基多型 ,  *遺伝子型 ,  ヌクレオチド配列 ,  *アルゴリズム ,  ハプロタイプ ,  スクリーニング ,  遺伝子座 ,  遺伝的連鎖
準シソーラス用語： 連鎖 ,  SNP遺伝子型判定 ,  連鎖不均衡

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 遺伝子型 ,  解法