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J-GLOBAL ID：201402231881257428   整理番号：14A0680280

データ集約クラウドに基づく配列解析のためのストリーミングサポート

Streaming Support for Data Intensive Cloud-Based Sequence Analysis

著者 (8件)： ISSA Shadi A. (Nile Univ., Giza, EGY) ,  KIENZLER Romeo (IBM Innovation Center, Zurich, CHE) ,  EL-KALIOBY Mohamed (Nile Univ., Giza, EGY) ,  TONELLATO Peter J. (Harvard Medical School, MA, USA) ,  WALL Dennis (Harvard Medical School, MA, USA) ,  BRUGGMANN Remy (Univ. Bern, Bern, CHE) ,  ABOUELHODA Mohamed (Nile Univ., Giza, EGY) ,  ABOUELHODA Mohamed (Cairo Univ., Giza, EGY)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2013  号： Bioinformatics  ページ： 791051 (WEB ONLY)  発行年： 2013年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クラウドコンピューティングは,次世代シークエンシング(NGS)技術の進歩から生じるゲノミクスデータの氾濫問題の将来的な解決となる。”受容に対する資源”および”現金払い”の概念に基づき,社会基盤が無いまたは制限されている科学者は拡張可能で費用効果の高いコンピューター資源を利用することができる。しかし,サイズの大きいNGSデータはクライアントサイトからクラウドへのデータ伝達の著しい呼び出し時間を生じさせるが,これはクラウドコンピューティングサービスを利用するのにボトルネックである。本報告では,この問題を解決するためのストリーミングに基づくスキームを提供するが,このスキームではNGSデータはクラウドに伝達される間にプロセッシングされる。今回のスキームは広範なクラスのNGSデータ解析タスクをターゲットとし,NGSシークエンスは互いに独立してプロセッシングされることができる。また,個々の解析プログラムまたはワークフローシステムによるこのスキームの利用を支援するelastreamパッケージも提供する。この論文で示された実験は,今回の解法がデータ伝達の呼び出し時間の効果を緩和し,時間と計算コストの両方を節減することを示している。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ゲノム ,  情報サービス ,  *計算機利用 ,  計算機利用システム ,  *ヌクレオチド配列 ,  遺伝学実験技術 ,  データ処理 ,  ストリーミング ,  ワークフロー
準シソーラス用語： *クラウドコンピューティング ,  データ集約 ,  次世代シークエンシング

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： データ集約 ,  クラウド ,  配列解析 ,  ストリーミング