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J-GLOBAL ID：201402232891860277   整理番号：14A0303783

YHap:再シークエンシングデータからのYハプログループの確率的アサイメントのための集団モデル

YHap: a population model for probabilistic assignment of Y haplogroups from re-sequencing data

著者 (12件)： ZHANG Fan (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  ZHANG Fan (Univ. Michigan, Ann Arbor, USA) ,  CHEN Ruoyan (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LIU Dongbing (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  YAO Xiaotian (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LI Guoqing (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  JIN Yabin (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  YU Chang (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  LI Yingrui (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  COIN Lachlan JM (BGI-shenzhen, Shenzhen, CHN) ,  COIN Lachlan JM (Univ. Queensland, Queensland, AUS) ,  COIN Lachlan JM (Imperial Coll., London, GBR)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： Nov  ページ： 14:331 (WEB ONLY)  発行年： 2013年11月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:Yハプログループ解析は,系統的再構築,集団遺伝学的解析,遺伝医学および法医学の重要な要素である。これらの分野は,低カバレッジ,ハイスループットシークエンシングの利用に向ってますます動いている。高いカバレッジ配列データに基づくYハプログループのアサイメントのために最近提唱された方法があるが,低カバレッジデータに基づくアサイメントは課題のままである。結果:インピュテーションフレームワークを用いてY染色体の遺伝子型を一緒に予測し,低カバレッジ集団配列データを用いてYハプログループをアサインする新しいアルゴリズムYHapを開発した。1000のゲノムプロジェクトのデータを用いて,YHapにより正確なYハプロタイプアサイメントが2倍未満のカバレッジで得られることが示された。結論:インピュテーションフレームワークを用いて集団内の多数サンプルにわたって情報を借りることにより,正確なYハプログループのアサイメントが可能となる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ハプロタイプ ,  *Y染色体 ,  ヌクレオチド配列 ,  集団遺伝 ,  遺伝子型 ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： YHap ,  ハプログループ

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： シークエンシング ,  ハプログループ ,  確率 ,  集団モデル