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J-GLOBAL ID：201402233876054961   整理番号：14A0777290

dGMP(デオキシグアノシン一リン酸)と8-オキソ-dGMPの立体配座差に関する分子動力学研究 金属イオンの影響

Molecular dynamics study on conformational differences between dGMP and 8-oxo-dGMP: Effects of metal ions

著者 (3件)： FUJIWARA Shin-ichi ,  SAWADA Kenichiro ,  AMISAKI Takashi
資料名： Journal of Molecular Graphics & Modelling  (Journal of Molecular Graphics & Modelling)
巻： 51  ページ： 158-167  発行年： 2014年06月 
JST資料番号： B0044D  ISSN： 1093-3263  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 修飾ヌクレオチド塩基7,8-ジヒドロ-8-オキソグアニン(8-oxo-G)は自発的突然変異生成の主な提供源の一つである。MutT同族体-1(MTH1)とnudix(ヌクレオシド二リン酸類類似体)型モチーフ5(NUDT5)のようなヌクレオチド浄化(不要部分除去)酵素は,ヌクレオチド細胞プールから8-oxo-Gを選択的に除く。以前の研究では,syn立体配座が8位置で嵩高い置換基を持つプリンヌクレオチドで,一般的に支配的だが,8-オキソ-dGMP(デオキシグアノシン一リン酸)はanti立体配座で,MTH1とNUDT5へ結合することを示した。本研究は,8-オキソ-dGMP自身がanti立体配座を採用する可能性を調べるために開始された。水溶液中のモノヌクレオチド(dGMPと8-オキソ-dGMP)の分子動力学シミュレーションを行った。8-オキソ-dGMPはsyn立体配座に加えanti立体配座を採用し,anti立体配座割合は金属イオンの存在下で増えた。8-オキソ-dGMPがanti立体配座の時,金属イオンはリン酸の酸素原子と8-oxo-Gの8位置の酸素原子間に位置した。8-オキソ-dGMPの安定なanti立体配座タイプは,共存イオンのイオン半径や電荷に依存し異なった。これらのデータは,ジ-とトリ-リン酸形態のモノヌクレオチドの加水分解での補因子として以外の金属イオンの役割,つまり,金属イオンが8-oxo-Gデオキシヌクレオチドとヌクレオチド浄化触媒間の結合を促進するために,8-オキソ-dGMPのN-グリコシド捩れ角のanti立体配座を留めることを支援することを示唆した。Copyright 2014 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 同族体【有機化合物】 ,  ヌクレオチド ,  核酸塩基 ,  除去 ,  酵素 ,  *グアニンヌクレオチド ,  *リボヌクレオチド ,  立体配座 ,  *構造解析 ,  *計算機シミュレーション ,  立体異性体 ,  *金属イオン ,  イオン半径 ,  電荷 ,  加水分解 ,  ラクタム ,  ウレア化合物 ,  デオキシリボヌクレオチド ,  *グアノシン一リン酸 ,  核酸立体配座 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *立体配座解析 ,  *計算機利用 ,  *利用
準シソーラス用語： 幾何異性体

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  分子の立体配置・配座  (BH05022J)

物質索引 (3件)： 7,8-ジヒドロ-8-オキソグアニン ,  2′-デオキシ-5′-グアニル酸 ,  8-オキソ-7,8-ジヒドロ-2′-デオキシ-5′-グアニル酸

タイトルに関連する用語 (6件)： dGMP ,  8-オキソ-dGMP ,  立体配座 ,  分子動力学 ,  研究 ,  金属イオン