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J-GLOBAL ID：201402234591679360   整理番号：14A0434061

BSeSeQC:亜硫酸水素塩シーケンシング実験の品質管理

BSeQC: quality control of bisulfite sequencing experiments

著者 (11件)： LIN Xueqiu (Tongji Univ., Shanghai, CHN) ,  SUN Deqiang (Dan L. Duncan Cancer Center) ,  SUN Deqiang (Baylor Coll. Medicine, TX, USA) ,  RODRIGUEZ Benjamin (Dan L. Duncan Cancer Center) ,  RODRIGUEZ Benjamin (Baylor Coll. Medicine, TX, USA) ,  ZHAO Qian (Tongji Univ., Shanghai, CHN) ,  SUN Hanfei (Tongji Univ., Shanghai, CHN) ,  ZHANG Yong (Tongji Univ., Shanghai, CHN) ,  LI Wei (Tongji Univ., Shanghai, CHN) ,  LI Wei (Dan L. Duncan Cancer Center) ,  LI Wei (Baylor Coll. Medicine, TX, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 29  号： 24  ページ： 3227-3229  発行年： 2013年12月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAの後成的なメチル化修飾はゲノムの機構と機能に影響を及ぼす生物過程の重要な役割を果たしており,その研究では単一のヌクレオチドを特異的に選択して,亜硫酸水素塩を使用し,シーケンシングを行うBS-seqが用いられている。しかし,現在のBS-seqのプロトコールでは技術的ないくつかのバイアスが生じており,メチル化のレベルに影響するかも知れない。このバイアスに対して品質管理(QC)をするBSmoothとBis-SNPがあるがBAM/SAM形式を取り込めないなど充分ではない。そこで,BAM/SAM形式を取り込み,M-バイアスプロットによりBS-seqに特異的なメチル化を可視化して評価するBSeSeQCを開発した。これは統計的な解析からデータを切り落としてバイアスがあるデータをトリミングしている。また,BAM/SAM形式を使用しているので他のBS-seqへのデータの入出力が可能である。

シソーラス用語： *亜硫酸水素塩 ,  遺伝学実験技術 ,  可視化 ,  *メチル化 ,  *品質管理 ,  バイアス
準シソーラス用語： DNAシークエンシング ,  DNAメチル化 ,  QC【品質管理】

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 亜硫酸水素塩 ,  実験 ,  品質管理