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J-GLOBAL ID：201402255265835112   整理番号：14A0680252

遺伝子オントロジーおよびKEGGを介した網膜芽細胞腫関連遺伝子の予測および解析

Prediction and Analysis of Retinoblastoma Related Genes through Gene Ontology and KEGG

著者 (7件)： LI Zhen (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  LI Bi-Qing (Shanghai Inst. for Biological Sci., Chinese Acad. of Sci., Shanghai, CHN) ,  JIANG Min (Shanghai Jiaotong Univ. School of Medicine, Shanghai, CHN) ,  CHEN Lei (Shanghai Maritime Univ., Shanghai, CHN) ,  ZHANG Jian (Shanghai Jiaotong Univ., Shanghai, CHN) ,  LIU Lin (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  HUANG Tao (Mount Sinai School of Medicine, NY, USA)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2013  号： Bioinformatics  ページ： 304029 (WEB ONLY)  発行年： 2013年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物医学において最も重要で挑戦的な問題の1つは,どのようにして癌関連遺伝子を予測するかである。網膜芽細胞腫(RB)は小児期に生じる最も一般的な原発性眼内悪性腫瘍である。RBの早期発見は死亡率を減らし,疾患フリー生存の可能性を向上できる。従って,RB遺伝子を同定することは非常に重要である。増分特徴選択(IFS)後の最大関連最小冗長性(mRMR)法Daggingに基づく,RB関連遺伝子を予測の計算法を開発する。119のRB遺伝子が過去の2つのRB関連研究から集められた一方で,5500の非RB遺伝子をアンサンブル遺伝子から無作為に選択した。10のデータセットがこれら全てのRBおよび非RB遺伝子を構築した。各遺伝子は,12887遺伝子オントロジー(GO)エンリッチメントスコアおよび239KEGGエンリッチメントスコアを含む13126次元ベクターでコードされた。最後に,1061のGO項および8のKEGG経路を含む最適特徴セットを得た。これら特徴がRBと緊密に関連することを示した。本法が他の癌関連遺伝子予測に関しても同様に適用できることが期待される。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 統計解析 ,  データベース ,  *Rb遺伝子 ,  *遺伝子診断 ,  予測技法 ,  *網膜芽細胞腫 ,  オントロジー ,  *計算機診断 ,  ヒト
準シソーラス用語： KEGG ,  遺伝子オントロジー ,  遺伝子データベース ,  冗長性解析

分類 (2件)： 腫ようの診断  (GE03020J) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 遺伝子オントロジー ,  KEGG ,  網膜芽細胞腫 ,  遺伝子 ,  予測 ,  解析