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J-GLOBAL ID：201402255713696870   整理番号：14A0783693

アライメントフリーの配列比較の新規開発 尺度,統計学および次世代シークエンシング

New developments of alignment-free sequence comparison: measures, statistics and next-generation sequencing

著者 (6件)： SONG Kai (Peking Univ., CHN) ,  REN Jie (Peking Univ., CHN) ,  REINERT Gesine (Oxford Univ.) ,  DENG Minghua (Peking Univ., CHN) ,  WATERMAN Michael S. (Univ. Southern California, USA) ,  SUN Fengzhu (Univ. Southern California, USA)
資料名： Briefings in Bioinformatics  (Briefings in Bioinformatics)
巻： 15  号： 3  ページ： 343-353  発行年： 2014年05月 
JST資料番号： W2342A  ISSN： 1467-5463  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ワードパターン頻度に基づくアライメントフリーのゲノムおよびメタゲノム比較の最近の開発状況について概説した。最初に,D₂の近似分布およびその統計的検出力の理論的研究について,ワードマッチ数によるアライメントフリーの配列比較とD₂統計量,2つの独立した配列のヌルモデルにおけるD₂統計量の分布,2つの関連する配列の代替モデルにおけるD₂統計量の検出力に焦点を当てながら解説した。次に,κタプルカウントに基づくアライメントフリーの配列比較のための補正した非類似度の尺度に関して,D2zによるD₂の正規化,2つの配列間のκタプルカウントの相対的差異の相関関係,ジヌクレオチド,トリヌクレオチドおよびテトラヌクレオチドの相対存在量に基づくアライメントフリーの配列比較,マルコフモデルによるタプル頻度の直接比較に基づくアライメントフリーの配列比較,DD₂^SおよびDD₂^*統計量とその統計的検出力,ミスマッチタプルの検討およびミスマッチによる非類似度の尺度の経験的比較を中心に解説を加えた。また,次世代シークエンシングデータを用いるアライメントフリーのゲノムおよびメタゲノムの比較について解説した。最後に,アライメントフリーの配列比較法の今後の展開について考察を加えた。

シソーラス用語： アラインメント ,  *ヌクレオチド配列 ,  ヌクレオチド ,  空間 ,  ゲノム ,  情報科学 ,  生物学
準シソーラス用語： タプル空間 ,  メタゲノム ,  *次世代シークエンシング ,  生物情報科学

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： アライメント ,  開発 ,  尺度 ,  統計学 ,  次世代シークエンシング