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J-GLOBAL ID：201402256386072740   整理番号：14A1057750

アメリカンクランベリー: 沼生息地に順応した種の全ゲノムの初知見

The American cranberry: first insights into the whole genome of a species adapted to bog habitat

著者 (8件)： POLASHOCK James (Agricultural Res. Serv., USDA, New Jersey, USA) ,  ZELZION Ehud (Rutgers Univ., New Jersey, USA) ,  FAJARDO Diego (Univ. Wisconsin, Wisconsin, USA) ,  ZALAPA Juan (Agricultural Res. Serv., USDA, Wisconsin, USA) ,  GEORGI Laura (P.E. Marucci Center for Blueberry and Cranberry Res., New Jersey, USA) ,  GEORGI Laura (American Chestnut Foundation, Virginia, USA) ,  BHATTACHARYA Debashish (Rutgers Univ., New Jersey, USA) ,  VORSA Nicholi (Rutgers Univ., New Jersey, USA)
資料名： BMC Plant Biology (Web)  (BMC Plant Biology (Web))
巻： 14  号： June  ページ： 14:165 (WEB ONLY)  発行年： 2014年06月 
JST資料番号： U7027A  ISSN： 1471-2229  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:アメリカンクランベリー(Vaccinium macrocarpon Ait.)は北米に固有の広く栽培される3種の果実作物のうちの一つで,他はブルーベリー(Vaccinium spp.)と野生ブドウ(Vitis spp.)である。分類学的には,クランベリーはゲノム配列データが現在欠落しているEricales目に属する。さらに,クランベリーは重要なポリフェノール性二次化合物産生種で,これらはヒト健康に有益とされる。次世代シーケンシング技術は全ゲノムシーケンシングの進展を可能とするが,複雑な2倍体(またより高次倍数体)の短鎖リード配列データの成功裏アセンブリはヘテロ接合性が主要障害となっている。クランベリーは2倍体(2n=24)と自家受粉の利点を持つ。ヘテロ接合性問題を最小化するため,栽培種Ben Learを自己起源とする5世代由来の近交ゲノタイプ(F>=0.97)のゲノムを配列決定した。結果:V.macrocarponのゲノムサイズは約470Mbと推定された。ゲノム配列は20×平均カバレッジで420Mbpを表す229745のスカフォールドにアセンブルされた(N50=4237bp)。予想された遺伝子数は36364で,アセンブラゲノムの17.7%に相当した。予測遺伝子のうち30090はホモロジーに基づいて候補遺伝子に割り当てられた。トランスクリプトームデータで支持された遺伝子は総計13170だった(36%)。結論:平均シーケンシングカバレッジ20×のクランベリーゲノムのショットガンシーケンシングは効率的アセンブリと遺伝子コーリングを可能とした。同定された候補遺伝子は,重要生化学経路と細胞過程のさらなる研究と,育種用マーカ開発と耐病性など園芸特徴の研究における有用コレクションを代表する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *スノキ属 ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝子ライブラリー ,  遺伝学実験技術 ,  遺伝資源 ,  栽培品種 ,  *耐病性 ,  作物育種 ,  環境順応 ,  ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： Vaccinium macrocarpon ,  クランベリー ,  ゲノムワイド相関解析 ,  トランスクリプトーム解析 ,  ヘテロ接合性 ,  近交系

分類 (1件)： 果樹  (FC03042G)

タイトルに関連する用語 (6件)： クランベリー ,  沼 ,  生息地 ,  順応 ,  種 ,  ゲノム