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J-GLOBAL ID：201402256741693425   整理番号：14A0563428

動物ウイルスにおける効率的な-1リボソームフレームシフト又はリードスルーを刺激するRNAシュードノットのゲノムレベル解析

A Genome-Wide Analysis of RNA Pseudoknots That Stimulate Efficient -1 Ribosomal Frameshifting or Readthrough in Animal Viruses

著者 (3件)： HUANG Xiaolan (Southern Illinois Univ. Carbondale, IL, USA) ,  CHENG Qiang (Southern Illinois Univ. Carbondale, IL, USA) ,  DU Zhihua (Southern Illinois Univ. Carbondale, IL, USA)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2013  号： Genomics  ページ： 984028 (WEB ONLY)  発行年： 2013年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プログラムされた-1リボソームフレームシフト(PRF)と終止コドンリードスルーは,限定された比率でそれらの構造蛋白質と酵素蛋白質を発現するために,いくつかのRNAウイルスによって利用される2つの翻訳再コード機構である。効率的な再コードは,再コード部位からいくつかのヌクレオチド下流に位置するRNAシュードノットを通常必要とする。再コードシュードノットの戦略的重要性を評価するために大規模なゲノム全体に渡る分析を行ない,81の動物ウイルスのゲノムmRNA内のあらゆるH型シュードノットを検出する自主開発プログラムを使用した。シュードノットは,多くの未知シュードノットを含む再コード部位の約85%下流で検知された。再コードシュードノットの約78%はウイルスゲノム内で最も安定なシュードノットであった。しかし,それらは,翻訳リボソームに経路封鎖作用を示すいくつかの設計シュードノットほど強くはなかった。強い経路封鎖シュードノットは,ウイルスゲノム内で検出されなかった。これらの結果から,解読シュードノットは効率的な再コードのために最適な安定性を有するように進化したことを示した。HIV1のgag-polフレームシフトジャンクションの配列は,フレームシフト部位を包含するシュードノットを産生することを見出した。HIV1 PRFイベントで産生されたシュードノットの関与可能性に対する新規な機構を提案した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *翻訳【遺伝】 ,  動物ウイルス ,  *二次構造 ,  RNAウイルス ,  ゲノム ,  mRNA ,  HIV1 ,  ウイルス遺伝子 ,  構造遺伝子 ,  フレームシフト突然変異 ,  リボソーム ,  *RNA【核酸】
準シソーラス用語： *リボソームフレームシフト ,  *シュードノット ,  ウイルスゲノム ,  gag遺伝子 ,  pol遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 動物 ,  ウイルス ,  リボソームフレームシフト ,  リード ,  刺激 ,  RNA ,  シュードノット ,  ゲノム ,  解析