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J-GLOBAL ID：201402257526810654   整理番号：14A0783685

Cas-OFFinder:Cas9 RNAガイドエンドヌクレアーゼのオフターゲット部位候補を探索する高速汎用アルゴリズム

Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases

著者 (5件)： BAE Sangsu (National Creative Res. Initiatives Center for Genome Engineering) ,  BAE Sangsu (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  PARK Jeongbin (Seoul National Univ., Seoul, KOR) ,  KIM Jin-Soo (National Creative Res. Initiatives Center for Genome Engineering) ,  KIM Jin-Soo (Seoul National Univ., Seoul, KOR)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 30  号： 10  ページ： 1473-1475  発行年： 2014年05月15日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CRISPR/Cas由来のRNAガイド組換えヌクレアーゼ(RGEN)システムにおけるオフターゲット突然変異の問題に対処するため,特定のゲノムやユーザーが定義した配列中のオフターゲット部位候補を探索する新規アルゴリズムCas-OFFinderを開発した。Cas-OFFinderは,並列プログラミング言語OpenCLで書かれた高速高汎用性ツールであり,ミスマッチの数に制限されず,RGENの不可欠な構成要素であるCas9により認識されるプロトスペーサー近接モチーフ配列の変異を許容するという点で,他のアルゴリズムより優れている。Cas-OFFinderはhttp://www.rgenome.net/cas-offinderにて入手可能である。

シソーラス用語： プログラミング言語 ,  フレームワーク【ソフトウェア開発】 ,  エンドヌクレアーゼ ,  *遺伝子発現 ,  免疫 ,  ヌクレオチド配列 ,  不適正塩基対 ,  アルゴリズム ,  *ターゲット
準シソーラス用語： Cas9 ,  *CRISPR-Casシステム ,  *オフターゲット ,  ヌクレオチドモチーフ ,  OpenCL ,  塩基対ミスマッチ ,  探索アルゴリズム ,  並列プログラミング言語

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： CAS ,  Cas9 ,  RNA ,  エンドヌクレアーゼ ,  探索 ,  汎用 ,  アルゴリズム