特徴の選別を用いた蛋白質凝集の重要な特性の同定

FANG Yaping; FANG Yaping; GAO Shan; TAI David; MIDDAUGH C Russell; FANG Jianwen; FANG Jianwen

文献

J-GLOBAL ID：201402266285026255 整理番号：14A0303740

特徴の選別を用いた蛋白質凝集の重要な特性の同定

Identification of properties important to protein aggregation using feature selection

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資料名：
巻： 14 号： Oct ページ： 14:314 (WEB ONLY) 発行年： 2013年10月
JST資料番号： U7025A ISSN： 1471-2105 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：イギリス (GBR) 言語：英語 (EN)

背景:蛋白質凝集は,バイオ医薬品産業における重大な問題(蛋白質薬物の安定性)であり,40以上のヒトの疾患と医学的に関連している。凝集の傾向を予測し蛋白質中の凝集しやすい領域を同定するために,数多くの計算モデルが開発されてきたが,凝集に関連した物理化学的特性や,この重要なプロセスの相対的な重要性を決定するための体系的な研究はほとんど行われていない。このような研究は,正確にペプチドの凝集性向を予測し,蛋白質中の凝集しやすい領域を同定するだけでなく,このプロセスを管理するような,更なる基本的なメカニズムを発見するのに役立つ可能性がある。結果:著者らは,物理化学的特性の計560の中から,2つの特徴選択アルゴリズムを利用して,蛋白質凝集に重要であろう16の特徴を識別した。特徴の選択に用いた2つの予測法(ProA-SVMとProA-RF)は,ペプチド凝集傾向を予測し,蛋白質中の凝集しやすい領域を同定するために設計されている。どちらの方法も,他の最先端のアルゴリズムとの交差検定では良い比較結果を得られた。同定された重要な特性は,既存研究と良く一致しており,蛋白質やペプチド凝集にいくつかの新たな洞察をもたらす。一つの興味深い新たな発見は,凝集しやすいペプチド配列は,シグナルペプチドおよびシグナルアンカー配列に類似した特性を有することであった。結論:両方の予測手法は,Webアプリケーション(http://www.abl.ku.edu/ProA/)として実装されており,自由に利用可能。著者らは,蛋白質凝集体,特に可溶性オリゴマーの四次構造は,特定の細胞部位を標的とする凝集を導く新しい分子認識シグナルをもたらしている可能性を示唆している。(翻訳著者抄録)

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分子・遺伝情報処理 , 蛋白質・ペプチド一般

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