文献

J-GLOBAL ID：201402271212278128   整理番号：14A0303817

454ピロシーケンシングからのウイルス疑似種推論

Viral quasispecies inference from 454 pyrosequencing

著者 (11件)： POH Wan-Ting (National Univ. Singapore, Singapore, SGP) ,  XIA Eryu (National Univ. Singapore, Singapore, SGP) ,  CHIN-INMANU Kwanrutai (Mahidol Univ., Bangkok, THA) ,  WONG Lai-Ping (National Univ. Singapore, Singapore, SGP) ,  CHENG Anthony Youzhi (National Univ. Singapore, Singapore, SGP) ,  MALASIT Prida (Mahidol Univ., Bangkok, THA) ,  MALASIT Prida (National Sci. and Technol. Dev. Agency, Bangkok, THA) ,  SURIYAPHOL Prapat (Mahidol Univ., Bangkok, THA) ,  TEO Yik-Ying (National Univ. Singapore, Singapore, SGP) ,  TEO Yik-Ying (Genome Inst. of Singapore, Singapore, SGP) ,  ONG Rick Twee-Hee (National Univ. Singapore, Singapore, SGP)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 14  号： Dec  ページ： 14:355 (WEB ONLY)  発行年： 2013年12月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多くの潜在的に重篤な感染性ウイルスは自然中で高度に変異が起こりやすい。感染患者からの疑似種内の最適な変異体を特性化することは,疑似種の多様性と疾患の疫学の間の関連を調べるのにこれまでに無い機会を与えることが期待される。次世代シーケンシング技術の出現は,高処理量シーケンシングでウイルス多様性を研究することを可能にしたが,これらの手法は人為的に多様性を増しうるより高い率のエラーを産み出す。結果:ここで筆者らはウイルスゲノム配列を再構成すると同時に,存在する疑似種内の変異体の数を推論する,次世代シーケンサーから塩基品質スコアを取り込む新しい計算機的手法を紹介する。デングウイルスに関するシミュレーションおよび臨床データの比較はこの新しい手法が,宿主内でのウイルスの多様性をマッピングする臨床上の努力に関し重要である,疑似種内の変異体数をより正確に推論できることを示唆する。本手法が産み出すシーケンスアライメントはより低いエラー率を示すことも見出す。結論:ヒト宿主内に存在するウイルス疑似種コロニーを推論する能力はウイルス表現型のより正確な分類に対し発展性を提供する。ウイルスのゲノミクスを理解することはこれらのウイルス感染症をどのように制御し,あるいはどのように根絶するかだけでなく,ウイルスに対するヒト宿主における先天的防御について知ることについても意味があるであろう。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ウイルス ,  生物分類 ,  *遺伝学実験技術 ,  ヌクレオチド配列 ,  宿主 ,  ヒト ,  ウイルス感染症 ,  ゲノム ,  ウイルス遺伝子 ,  フラビウイルス ,  突然変異体
準シソーラス用語： デングウイルス ,  *ピロシークエンシング ,  変異体

分類 (1件)： ウイルスの形態学,分類学  (EG04020U)

タイトルに関連する用語 (3件)： ピロシーケンシング ,  ウイルス ,  推論