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J-GLOBAL ID：201402276071812216   整理番号：14A0910833

体積測定三次元FFTを用いた三次元RISM計算の大規模並列実行

Massively Parallel Implementation of 3D-RISM Calculation with Volumetric 3D-FFT

著者 (6件)： MARUYAMA Yutaka (Keio Univ., Kanagawa, JPN) ,  YOSHIDA Norio (Kyushu Univ., Fukuoka, JPN) ,  TADANO Hiroto (Univ. Tsukuba, Tsukuba, JPN) ,  TAKAHASHI Daisuke (Univ. Tsukuba, Tsukuba, JPN) ,  SATO Mitsuhisa (Univ. Tsukuba, Tsukuba, JPN) ,  HIRATA Fumio (Ritsumeikan Univ., Shiga, JPN)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 35  号： 17-18  ページ： 1347-1355  発行年： 2014年06月30日 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大規模並列スーパーコンピューティングの開発により,蛋白質・DNAなど実際の生体系を処理できるようになった。計算力の増加と共に,三次元RISM(参照インタラクションサイトモデル)理論が液剤における生体分子認識・DNA分子の安定性を含む溶媒和現象を記述すべく,多数の生体物理学・化学問題に適用された。大規模並列機械用三次元RISM計算の新しいプログラムを開発した。体積測定三次元FFTを用いたMPI/OpenMPハイブリッド並列化を導入することにより,計算時間と計算高速化を改良した。新プログラムはRIKEN Kスーパコンピュータ上でスケーラビリティと共に数十万CPUコアの良好な並列化を達成した。プログラムの効率性を示す事例として,液剤内蛋白質のオリゴマ化過程を調査した。その結果,大規模並列三次元RISMプログラムが大規模生体分子系の水和特性を分析するのに有効であることを示した。

シソーラス用語： *スーパコンピュータ ,  分子 ,  *並列演算 ,  *高速Fourier変換 ,  *生体系 ,  溶媒和 ,  システムインタフェイス ,  オリゴマ化 ,  ベンチマーク ,  シミュレーション ,  並列化 ,  計算化学
準シソーラス用語： FFT【変換】 ,  MPI【インタフェイス】 ,  スーパーコンピューティング ,  ダイナミックシミュレーション ,  OpenMP ,  生体分子 ,  大規模並列計算

分類 (3件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  生体工学一般  (EL01000S) ,  化学一般  (CA01010U)

タイトルに関連する用語 (4件)： 体積測定 ,  FFT ,  計算 ,  大規模