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J-GLOBAL ID：201402284316234151   整理番号：14A0400592

ペプチド核酸の二本鎖形成と結晶溶解の力場パラメータの変化への感受性

On the Sensitivity of Peptide Nucleic Acid Duplex Formation and Crystal Dissolution to a Variation of Force-Field Parameters

著者 (7件)： BACHMANN Stephan J. (ETH Zuerich, Zuerich, CHE) ,  LIN Zhixiong (ETH Zuerich, Zuerich, CHE) ,  STAFFORST Thorsten (ETH Zuerich, Zuerich, CHE) ,  STAFFORST Thorsten (Univ. Tuebingen, Tuebingen, DEU) ,  VAN GUNSTEREN Wilfred F. (ETH Zuerich, Zuerich, CHE) ,  DOLENC Jozica (ETH Zuerich, Zuerich, CHE) ,  DOLENC Jozica (Univ. Ljubljana, Ljubljana, SVN)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 10  号： 1  ページ： 391-400  発行年： 2014年01月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子動力学シミュレーション(MDS)によるDNA模倣ペプチド核酸(PNA)の自己相補的フラグメント(H-CGTACG-NH₂)の二量体形成と結晶溶解の自由エンタルピーの計算について,1-ステップ摂動法によりPNA二量体の安定性に影響を与える力場パラメータを調べた。MDSにはGROMOS生体分子シミュレーションパッケージとGROMOS力場45A4を用い,溶媒の水は1点電荷モデルによりモデル化した。溶液中の単量体と二量体について位置制限がある場合と無い場合及び塩基電荷を10%増加させた場合(1-ステップ摂動),さらに24二量体から成る結晶(位置制限と摂動は共に無し)について合計9通りのMDSを行った。その結果,溶液中の二量体形成は塩基電荷の減少により,また骨格電荷の増加により有利になること,溶液中の二量体に比べて二量体の結晶型は塩基電荷の増加により安定化するが結晶中の水組成が低いために骨格電荷の変化の影響は小さいことが分かった。従って,塩基電荷の増加は溶液中の二量体形成を不利にし,二量体の結晶化を有利にする。この結果は,系の相対的自由エンタルピーと力場パラメータの変化の間の関係の複雑さを例示している。

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *核酸 ,  パリンドローム ,  オリゴペプチド ,  オリゴヌクレオチド ,  二量化 ,  二量体 ,  結晶化 ,  摂動法 ,  摂動 ,  電荷 ,  *溶解熱 ,  エンタルピー ,  *生成熱 ,  *力の場 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： 二量体化 ,  *ペプチド核酸 ,  自己相補的配列 ,  *生成エンタルピー ,  *分子動力学シミュレーション ,  *溶解エンタルピー ,  *力場

分類 (5件)： 理論生物学一般  (EA02010D) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  ペプチド  (CF10080G) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (6件)： ペプチド核酸 ,  結晶 ,  溶解 ,  力場 ,  パラメータ ,  感受性