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J-GLOBAL ID：201402287080714016   整理番号：14A0007430

クロマチン相互作用に基づく新規ゲノムアセンブリーの染色体レベルのスキャフォールド構築

Chromosome-scale scaffolding of de novo genome assemblies based on chromatin interactions

著者 (6件)： BURTON Joshua N (Univ. Washington, Washington, USA) ,  ADEY Andrew (Univ. Washington, Washington, USA) ,  PATWARDHAN Rupali P (Univ. Washington, Washington, USA) ,  QIU Ruolan (Univ. Washington, Washington, USA) ,  KITZMAN Jacob O (Univ. Washington, Washington, USA) ,  SHENDURE Jay (Univ. Washington, Washington, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 31  号： 12  ページ： 1119-1125  発行年： 2013年12月 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 短いリードから新たに組み立てられたゲノムは,ヒトゲノムプロジェクトで得られたヒトおよび主要モデル生物の完成された染色体と比較して,高度に断片化されている。この問題を解決するには,染色体レベルに広がるアセンブリーを得るための拡張可能で経済性に優れた方法が必要である。本論文では,Hi-Cで得られるような全ゲノム的クロマチン相互作用データセットが,セントロメア全域を含む染色体に対するゲノム配列の割り当て,順序付け,そして方向付けを行うための長距離情報の宝庫であることを示す。この知見を利用するため,我々は,Hi-Cデータを利用して新規ゲノム組み立ての超長距離スキャフォールド構築を行うアルゴリズムを開発した。この方法を実証するものとして,ショットガン断片と短いジャンプ・メイトペア配列をHi-Cデータと組み合わせることによってヒト,マウス,およびショウジョウバエゲノムの染色体レベルの新規組み立てを行ったところ,ヒトゲノムに関しては,98%の精度で染色体群にスキャフォールドが割り当てられ,99%の精度で染色体群内のスキャフォールドの順序付けと方向付けが行われた。Hi-Cデータを用いることにより,がんゲノムの染色体転座を確認することも可能である。Copyright Nature Publishing Group 2013

シソーラス用語： ヒト ,  染色体 ,  *ヌクレオチド配列 ,  マウス ,  ショウジョウバエ ,  *クロマチン ,  プロトコル ,  *自動分析計 ,  *分子間相互作用 ,  *アルゴリズム ,  細胞遺伝現象 ,  *ゲノム ,  *クローン ,  *クラスタ化 ,  *シミュレーション
準シソーラス用語： de novoゲノムアセンブリ ,  Hi-Cデータセット ,  Hi-Cプロトコル ,  *LACHESISアルゴリズム ,  *クロマチン相互作用 ,  *ゲノムアセンブリスキャフォールド構築 ,  *ゲノム配列 ,  *コンティグ ,  近接連結法 ,  *次世代シーケンサー

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (7件)： クロマチン ,  相互作用 ,  ゲノム ,  アセンブリー ,  染色体 ,  スキャフォールド ,  構築