文献

J-GLOBAL ID：201402287974390760   整理番号：14A1293530

溶液中の完全にポリオウイルス不在カプシドの全原子分子動力学計算

All-atom molecular dynamics calculation study of entire poliovirus empty capsids in solution

著者 (9件)： ANDOH Y. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN) ,  YOSHII N. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN) ,  YAMADA A. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN) ,  FUJIMOTO K. (Dep. of Pharmacy, Coll. of Pharmaceutical Sciences, Ritsumeikan Univ., Nojihigashi, Kusatsu, Shiga 525-8577, JPN) ,  KOJIMA H. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN) ,  MIZUTANI K. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN) ,  NAKAGAWA A. (Inst. for Protein Res., Osaka Univ., Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871, JPN) ,  NOMOTO A. (Inst. of Microbial Chemistry, Kamiosaki, Shinagawa-ku, Tokyo 141-0021, JPN) ,  OKAZAKI S. (Dep. of Applied Chemistry, Nagoya Univ., Furo-cho, Chikusa-ku, Nagoya 464-8603, JPN)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 141  号： 16  ページ： 165101-165101-11  発行年： 2014年10月28日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 例えばポリオウイルス及び口蹄病ウイルスのようなピコルナウイルス科に属する小ウイルスは,単にカプシド蛋白質及び一本鎖RNA(ssRNA)ゲノムからなる。カプシドは環境からのゲノムの保護のため溶液中でまったく安定である。本研究では,ポリオウイルスのMahoney株に対して長時間及び大規模スケール6.5×10⁶全原子分子動力学計算に基いて,分子レベルでのウイルスカプシドの微視的性質を示した。第一に,カプシドを通して水分子の平衡迅速交換を認める。その交換速度は非常に速く,カプシド内の全水分子(約200,000個)はカプシドを離れ,25μsで外部からの水分子により置き換わる。そのことは高圧に対するカプシドの耐性及び脱水による不活性化を説明する。対照的に,カプシドは少なくとも本シミュレーション時間の200ns以内でイオンを交換しない。それはカプシドが原理的に半透過性膜として機能し得ることを意味する。樹木の木部と類似してゲノムなしでのカプシド内の溶液の圧力は負である。それエネルギーはカプシド過剰電荷を持つカプシド内の溶液のCoulomb相互作用に起因する。負の圧力は,溶液可溶性ssRNA及びそれへの対イオンの導入による正の浸透圧により補償される。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： 溶液 ,  ピコルナウイルス科 ,  *ウイルスタンパク質 ,  *カプシド ,  ポリオウイルス ,  *分子動力学 ,  交換 ,  RNA【核酸】
準シソーラス用語： ウイルスカプシド ,  カプシド蛋白質 ,  水交換 ,  一本鎖RNA

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  高分子の立体構造  (CG02031G)

タイトルに関連する用語 (5件)： 溶液 ,  ポリオウイルス ,  カプシド ,  原子 ,  分子動力学計算