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J-GLOBAL ID：201402291516423508   整理番号：14A1225972

遺伝子バッチ訂正のための順列置換した代理を用いた生物学的な不均一性の保存

Preserving biological heterogeneity with a permuted surrogate variable analysis for genomics batch correction

著者 (10件)： PARKER Hilary S. (Johns Hopkins Univ.) ,  LEEK Jeffrey T. (Johns Hopkins Univ.) ,  FAVOROV Alexander V. (Johns Hopkins Univ., MD, USA) ,  FAVOROV Alexander V. (Vavilov Inst. of General Genetics, Russian Acad. of Sci., Moscow, RUS) ,  FAVOROV Alexander V. (Res. Inst. for Genetics and Selection of Industrial Microorganisms “GosNIIGenetika”, Moscow, RUS) ,  CONSIDINE Michael (Johns Hopkins Univ., MD, USA) ,  XIA Xiaoxin (Rutgers Univ., NJ, USA) ,  CHAVAN Sameer (Johns Hopkins Univ., MD, USA) ,  CHUNG Christine H. (Johns Hopkins Univ., MD, USA) ,  FERTIG Elana J. (Johns Hopkins Univ., MD, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 30  号： 19  ページ： 2757-2763  発行年： 2014年10月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ゲノムスケールの遺伝子データは表現型の予測に有効であるが,その収集と処理で生じる生物には不適切なバッチ効果と呼ばれるアーチファクトがある。ここではデータの不均一性を除去してバッチ効果を訂正する方法の代理変数解析(SVA)とComBatについてその評価を主成分析で行い,新規の方法として過剰な訂正を中和して不均一性を保持する順列置換SVA(pSVA)を提案した。これはSVAの数値計算のフレームワークに革新的な統計モデルを導入している。バッチ効果の訂正は生物シグナルと実験のアーチファクトの2成分からなり,SVAモデルは遺伝子発現データの行列として,生物学的共変数行列,バッチ行列,技術的共変数行列で表現される。ヒトパピローマウィルスにpSVA,ComBat,SVAを適用して,ウイルスの状態を調べた。その結果,pSVAがウイルスの状態の予測に適用されたとき混同する状態でも交差検証を向上させていた。

シソーラス用語： *不均一性 ,  表現型 ,  *アーチファクト ,  パピローマウイルス ,  主成分分析 ,  *誤り訂正 ,  アルゴリズム ,  行列

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  数値計算  (JE02000J) ,  ウイルス感染の生理と病原性  (EG04042Y)

タイトルに関連する用語 (8件)： 遺伝子 ,  バッチ ,  訂正 ,  順列 ,  置換 ,  生物学 ,  不均一性 ,  保存