ポリマー単位を含むポリマーの解析

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出願人/特許権者：
代理人 (3件)：小林浩 , 大森規雄 , 鈴木康仁
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2014-531315
公開番号（公開出願番号）：特表2014-531901
出願日： 2012年09月21日
公開日（公表日）： 2014年12月04日
要約：

ポリマー、例えば、DNAのポリマー単位の配列(3)が、前記ポリマーに関係する測定の少なくとも1つのシリーズ、例えば、ナノポア中を通る移行の関数としてのイオン電流から推定され(1)、それぞれの測定の値が、kポリマー単位のグループであるkマーに依拠している(4)。可能なkマーのセットについて、起点kマーから目的地kマーまでの遷移の可能性を表す遷移重み付け、およびそのkマーについての所与の測定値を観測する可能性を表すそれぞれのkマーに関する放出重み付けを含む、確率的モデル、特に隠れマルコフモデル(HMM)が提供される。モデルを参照する解析技法、例えば、ビタビ復号を使用して、測定のシリーズを解析し、測定のシリーズがポリマー単位の配列により生み出されるというモデルにより予測される尤度に基づいて、ポリマー中のポリマー単位の少なくとも1つの推定された配列を推定する。追加の実施形態では、ポリマー単位の分解を改善するために、移行中に異なる電圧がナノポアを横断して印加される。

請求項（抜粋）：

ポリマーに関係する少なくとも1つのシリーズの測定からポリマー中のポリマー単位の配列を推定する方法であって、それぞれの測定値が、kが正整数であるk個のポリマー単位のグループであるkマーに依拠しており、可能なkマーのセットについて、起点kマーから目的地kマーまでの遷移の可能性を表す遷移重み付け、およびそのkマーについての所与の測定値を観測する可能性を表すそれぞれのkマーに関する放出重み付けを含むモデルを提供するステップ、ならびに前記モデルを参照する解析技法を使用して測定のシリーズを解析し、測定のシリーズがポリマー単位の配列により生み出されるというモデルにより予測される尤度に基づいて、ポリマー中のポリマー単位の少なくとも1つの推定された配列を推定するステップを含む方法。

IPC (5件)：

C12Q 1/68 , C12M 1/00 , C12M 1/34 , G01N 27/00 , G01N 27/02

FI (5件)：

C12Q1/68 Z , C12M1/00 A , C12M1/34 Z , G01N27/00 Z , G01N27/02 D

Fターム (27件)：

2G060AA15 , 2G060AD06 , 2G060AF01 , 2G060AF06 , 2G060AG11 , 4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA11 , 4B024HA11 , 4B029AA07 , 4B029AA23 , 4B029BB20 , 4B029CC01 , 4B029CC03 , 4B029FA02 , 4B029FA10 , 4B029FA12 , 4B029FA15 , 4B063QA01 , 4B063QA05 , 4B063QA11 , 4B063QA18 , 4B063QA19 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QS39 , 4B063QX04

引用特許：

出願人引用 (1件)

ポリマーの測定の解析
公報種別：公表公報出願番号：特願2014-557122 出願人：オックスフォードナノポールテクノロジーズリミテッド

審査官引用 (1件)

ポリマーの測定の解析
公報種別：公表公報出願番号：特願2014-557122 出願人：オックスフォードナノポールテクノロジーズリミテッド

引用文献：

出願人引用 (6件)

Nanoscopic Porous Sensors
Basecalling using hidden Markov models
BAYESIAN BASECALLING FOR DNA SEQUENCE ANALYSIS USING HIDDEN MARKOV MODELS

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審査官引用 (13件)

Nanoscopic Porous Sensors
Nanoscopic Porous Sensors
Nanoscopic Porous Sensors

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