特許
J-GLOBAL ID：201403036162268929
オリゴヌクレオチド・ライゲーション・アッセイに基づく配列ベースの遺伝子型決定
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (4件)：
村山 靖彦
, 志賀 正武
, 渡邊 隆
, 実広 信哉
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2014-518468
公開番号（公開出願番号）：特表2014-520525
出願日： 2012年07月09日
公開日（公表日）： 2014年08月25日
要約：
本発明は、オリゴヌクレオチド・ライゲーション・アッセイに基づく、試料中の標的ヌクレオチドの検出方法に関し、ここで、試料及び/又は標的配列(すなわち、遺伝子座、及び/又はアレルの組み合わせ)を識別することのできる配列ベースの識別子(の組み合わせ)と共に提供されるかそれらを含むプローブが用いられ、ここで、ライゲーション工程の後に、ライゲーションされたプローブは、又は、増幅後に、増幅されたライゲーションされたプローブは、制限酵素を用いて制限され、プローブの一部が除去され、ここで、必要に応じてアダプターを含む識別子をライゲーションし、試料の適切な呼称、並びに/又は識別子の存在及び/若しくは不存在に基づく遺伝子型のためのシーケンシング工程における関連情報を含むそれらのパーツ(識別子及び/又は標的配列)を用いて続けられる。
請求項（抜粋）：
試料中の標的ヌクレオチド配列の決定方法であって、以下の工程:
(a) 各標的ヌクレオチド配列(T)について、第1のプローブ(P1)及び第2のプローブ(P2)を提供する工程;
ここで、前記第1のプローブは、第1の標的特異的セクション(TS1)及び標的ヌクレオチド配列に非相補的であり、第1のプライマー結合配列(PBS1)を含んでいてもよい、第1のタグセクション(TAG1)を含み、ここで、前記第1のタグセクションは第1の制限酵素のための第1の認識配列(RE1)を含み、
ここで、前記第2のプローブは、第2の標的特異的セクション(TS2)及び標的ヌクレオチド配列に非相補的であり、第2のプライマー結合配列(PBS2)を含んでいてもよい、第2のタグセクション(TAG2)を含み、ここで、前記第2のタグセクションは第2の制限酵素のための第2の認識配列(RE2)を含み、
(b) 第1及び第2のプローブの第1及び第2の標的特異的セクションをそれぞれ標的配列にハイブリダイズさせる工程;
(c) 標的配列の基本的に隣接するセクションにプローブのそれぞれの標的特異的セクションがハイブリダイズした場合に、第1及び第2のプローブをライゲーションしてライゲーションされたプローブ(LP)を提供する工程;
(d) 任意の第1及び/又は任意の第2のプライマーで、ライゲーションされたプローブを任意に増幅してアンプリコン(A)を提供する工程;
(e) 第1及び/又は第2の制限酵素でライゲーションされたプローブ又はアンプリコンを制限して制限されたライゲーションされたプローブ(RLP)又は制限されたアンプリコン(RA)を提供し、アダプターベースの識別子(AD ID1, AD ID2)を含む第1及び第2のアダプターを、制限されたライゲーションされたプローブ(RLP)又は制限されたアンプリコン(RA)にライゲーションする工程;
(f) アダプターがライゲーションされた、制限されたライゲーションされたプローブ(RLP)又は、アダプターがライゲーションされた、制限されたアンプリコン(RA)をハイスループットシーケンシング技術に供して、制限されたライゲーションされたプローブ又は制限されたアンプリコンのヌクレオチド配列の少なくとも一部を決定する工程;
(g) 試料中の標的ヌクレオチド配列の存在、不存在又は量を同定する工程;
を含む方法。
IPC (1件)：
FI (1件)：
Fターム (16件)：
4B024AA11
, 4B024CA01
, 4B024CA09
, 4B024CA12
, 4B024HA12
, 4B063QA01
, 4B063QA18
, 4B063QQ42
, 4B063QQ53
, 4B063QR08
, 4B063QR42
, 4B063QR55
, 4B063QR62
, 4B063QS25
, 4B063QS34
, 4B063QX02
