資源
J-GLOBAL ID:201410035957317147   研究資源コード:NBDC01404 更新日:2017年08月06日

PGF-DB: Plant Gene Family Database

PGF-DB: Plant Gene Family Database
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (1件): ゲノム/遺伝子
タグ【データの種類】 (2件): 配列 ,  分類
生物種 (4件): Arabidopsis thaliana (NCBI Taxonomy ID: 3702) ,  Oryza sativa (NCBI Taxonomy ID: 4530) ,  Sorghum bicolor (NCBI Taxonomy ID: 4558) ,  Zea mays (NCBI Taxonomy ID: 4577)
概要:
PGF-DBは、RAP-DB (Rice Annotation Project Database)とつないで、イネ、ソルガム (モロコシ) 、トウモロコシ、シロイヌナズナの遺伝子ファミリーを解析するためのデータベースです。各遺伝子ファミリーについて、ファミリーを構成する遺伝子のTranscript ID、機能アノテーション、生物種の情報が収録されています。解析にはマルコフクラスタリング (Markov CLustering; MCL) とBLASTPの完全一致クラスタリング手法が用いられています。遺伝子ファミリーの名前はInterProのドメインに基づいて割り当てられており、ファミリー名やキーワードから検索が可能です。
作成機関: NBDC

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