資源
J-GLOBAL ID:201410055590279775   研究資源コード:NBDC00730 更新日:2012年10月01日

UTRdb

UTRdb
保有機関:
  • Institute for Biomedical Technologies
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (1件): RNA
タグ【データの種類】 (1件): 配列
生物種 (1件): Eukaryota (NCBI Taxonomy ID: 2759)
概要:
真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域は、mRNAの細胞質輸送や翻訳効率、局在や安定性の機能に関わることで遺伝子発現を制御する役割があります。UTRdbは真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域に関するキュレートデータベースです。実験で実証された機能性モチーフ、miRNAターゲットと保存配列エレメントはアノテーションが付与され、UTRsiteデータベースとリンクしています。各エントリーは遺伝子を基本としており、選択的スプライシングなどによる5'および3'非翻訳領域の変異体も網羅するように視覚化されています。UTRdbは、UTRefとUTRfullの2つのサブデータベースが含まれています。
UTRefには、79生物種の遺伝子483,605件について、473,330件の5'UTR と527,323件の3'UTRが登録されています。
UTRfullは、ヒトに特化したデータベースで、ASPicDB由来の全長転写産物のUTRが含まれています。124,345件の5'UTR(3.37件/遺伝子)と194,503件(5.18件/遺伝子)の3'UTRが登録されています。
作成機関: NBDC

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