資源
J-GLOBAL ID:201410064061951122   研究資源コード:NBDC00374 更新日:2019年02月04日

ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database

ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
保有機関:
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (2件): ゲノム/遺伝子 ,  cDNA/EST
タグ【データの種類】 (2件): 発現 ,  相互作用/パスウェイ
生物種 (9件): Arabidopsis thaliana (NCBI Taxonomy ID: 3702) ,  Oryza sativa (NCBI Taxonomy ID: 4530) ,  Glycine max (NCBI Taxonomy ID: 3847) ,  Zea mays (NCBI Taxonomy ID: 4577) ,  Solanum lycopersicum (NCBI Taxonomy ID: 4081) ,  Brassica rapa (NCBI Taxonomy ID: 3711) ,  Vitis vinifera (NCBI Taxonomy ID: 29760) ,  Populus trichocarpa (NCBI Taxonomy ID: 3694) ,  Medicago truncatula (NCBI Taxonomy ID: 3880)
概要:
ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJからのRNAseqデータを利用して計算された共発現データは、ピアソンの積率相関係数をベースとしたオリジナルの指標 Mutual rank (MR)で表わされます。興味のある遺伝子を検索すると、共発現する遺伝子のリストとそのオルソログが表示されます。また、NetworkDrawerツールにより、複数の遺伝子をクエリとした共発現ネットワークを視覚的に表示できます。共発現データの一括ダウンロードも可能です。
作成機関: NBDC
レコード管理者: Integbio Database Catalog
本レコードの利用条件: Creative Commons CC0 license

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