資源
J-GLOBAL ID:201410084244112767   研究資源コード:NBDC00501 更新日:2012年10月01日

iCOD: Integrated Clinical Omics Database

iCOD: integrated Clinical Omics Database
保有機関:
資源分類: データ・データベース
タグ【対象】 (3件): ゲノム/遺伝子 ,  健康/疾患 ,  細胞/オルガネラ
タグ【データの種類】 (3件): 発現 ,  画像/動画 ,  書誌/ドキュメント
生物種 (1件): Homo sapiens (NCBI Taxonomy ID: 9606)
概要:
医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん症例について、臨床・病理情報、環境情報および分子情報を利用し、研究デザインに沿った統計解析、症例ごとの病態像について固体レベルから、組織レベル、細胞レベルに至るまで、横断的に視覚化するための情報を統合しています。
「症例一覧」「臨床オミックス解析」「遺伝子検索」の3つのメニューがあります。
「症例一覧」とは、2005年より東京医科歯科大学医学部附属病院および本プロジェクトの協力機関にて、研究の同意を得た患者様より頂いた臨床・病理・環境データを元にデータベースを作成しています。主に癌を対象とするいくつかの組織に関して、背景(病歴、生活歴等)、検査所見(血液、尿、画像検査の結果)、病理所見、治療、予後といった情報を多く、網羅的に掲載しています。個人が特定されないための匿名化および個人の特定情報については掲載していません。また、癌細胞における遺伝子発現情報、検体情報についても合わせて掲載しています。
「臨床オミックス解析」とは、臨床、病理、分子の3つの情報を横断的に統計解析し、病態と遺伝子の相関を見るための解析機能のことです。二次元三層マップとは、各層(臨床層、病理層、分子層)で使用するデータの種類と計算方法を指定し、二次元マップ上に配置します。 ある層のある点を選択すると、それに該当する、別の層での位置と関係性が見えるため、それぞれの相関や関係性が視覚的に認識ことができます。また、正則化正準相関分析による、全データの統合的な表示によって、臨床・病理情報と遺伝子発現データとの相関を一度に把握することができます。
「遺伝子検索」では、疾患を選択し、遺伝子名かプローブセットIDを入力すると、対象遺伝子の正常細胞と比較した時の遺伝子発現値を検索できます。
作成機関: NBDC

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