研究者
J-GLOBAL ID：201501019487248486   更新日: 2024年02月01日

桜庭 俊

サクラバ シュン | Sakuraba Shun
所属機関・部署：
国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 量子生命科学領域

国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 量子生命科学領域 について


職名： 主任研究員(任常)
研究分野 (2件)： 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 ,  基礎物理化学
研究キーワード (5件)： タンパク質の合理的設計 ,  自由エネルギー計算 ,  構造生物学 ,  生体分子 ,  分子動力学
競争的資金等の研究課題 (8件)：
  • 2022 - 2027 植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態
  • 2022 - 2027 植物両性花システムにおける生殖選択コアの動的分子機構
  • 2021 - 2024 修飾塩基を持つRNAの情報解析基盤技術の開発
  • 2020 - 2023 分布適合原理と機械学習に基づくシミュレーション技法の開拓
  • 2020 - 2022 タンパク質の大きな構造変化をさっと出す
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論文 (44件)：
  • Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi, et al. Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule. Scientific Reports. 2022. 12. 1
  • Effi Haque, Aamir Salam Teeli, Dawid Winiarczyk, Masahiko Taguchi, Shun Sakuraba, Hidetoshi Kono, Paweł Leszczyński, Mariusz Pierzchała, Hiroaki Taniguchi. HNF1A POU Domain Mutations Found in Japanese Liver Cancer Patients Cause Downregulation of HNF4A Promoter Activity with Possible Disruption in Transcription Networks. Genes. 2022
  • Shun Sakuraba, Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Iwakiri, Hidetoshi Kono. Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5’-UTR complex. PLOS Computational Biology. 2022. 18. 1. e1009804-e1009804
  • Ko Sato, Amarjeet Kumar, Keisuke Hamada, Chikako Okada, Asako Oguni, Ayumi Machiyama, Shun Sakuraba, Tomohiro Nishizawa, Osamu Nureki, Hidetoshi Kono, et al. Structural basis of the regulation of the normal and oncogenic methylation of nucleosomal histone H3 Lys36 by NSD2. Nature communications. 2021. 12. 1. 6605-6605
  • Hideaki Ohtomo, Jun-ichi Kurita, Shun Sakuraba, Zhenhai Li, Yasuhiro Arimura, Masatoshi Wakamori, Yasuo Tsunaka, Takashi Umehara, Hitoshi Kurumizaka, Hidetoshi Kono, et al. The N-terminal Tails of Histones H2A and H2B Adopt Two Distinct Conformations in the Nucleosome with Contact and Reduced Contact to DNA. Journal of Molecular Biology. 2021. 433. 15. 167110-167110
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MISC (2件)：
  • Shun Sakuraba. Comment on “Replica-exchange-with-tunneling for fast exploration of protein landscapes” [J. Chem. Phys. 143, 224102 (2015)]. The Journal of Chemical Physics. 2016. 145. 5. 057101-057101
  • 桜庭 俊, 北尾 彰朗. 21pTC-6 生体分子を対象とした新規アンブレラサンプリング法の開発(化学物理一般(光応答・電子状態・シミュレーション),領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理). 日本物理学会講演概要集. 2007. 62. 1. 376-376
学歴 (3件)：
  • 2005 - 2010 東京大学 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
  • 2003 - 2005 東京大学 薬学部 薬学科
  • 2001 - 2003 東京大学 教養学部 理科一類
学位 (1件)：
  • 博士(科学) (東京大学)
経歴 (7件)：
  • 2018/04 - 現在 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構 量子生命科学領域 主任研究員
  • 2016/06 - 2018/03 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 特任助教
  • 2015/04 - 2016/05 東京大学 新領域創成科学研究科 特任研究員
  • 2014/04 - 2015/03 日本原子力研究開発機構 量子ビーム応用研究センター 博士研究員
  • 2012/04 - 2014/03 日本原子力研究開発機構 量子ビーム応用研究部門 博士研究員
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受賞 (3件)：
  • 2010/03 - 東京大学新領域創成科学研究科 研究科長賞
  • 2009/12 - 分子シミュレーション研究会 学生優秀発表賞
  • 2009/05 - 情報処理学会 Cell Challenge 2009 規定課題部門
所属学会 (1件)：
分子シミュレーション研究会
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