研究者
J-GLOBAL ID:201501040753326194   更新日: 2024年11月05日

沖 真弥

オキ シンヤ | OKI Shinya
所属機関・部署:
職名: 教授
ホームページURL (1件): https://oki-lab.jp
研究分野 (2件): 生命、健康、医療情報学 ,  発生生物学
研究キーワード (8件): Photo-Isolation Chemistry ,  創薬医学 ,  バイオインフォマティクス ,  マウス初期発生 ,  発生・分化 ,  多分化能 ,  再生医学 ,  シグナル伝達
競争的資金等の研究課題 (21件):
  • 2023 - 2028 動的な生殖ライフスパン:変動する生殖細胞の機能と次世代へのリスク
  • 2023 - 2025 微小領域に限定した高深度オミクス技術による催奇形性因子の作用機序解析
  • 2022 - 2025 ゲノム多型に起因する疾患の発症プロセスの解明
  • 2020 - 2023 植物細胞壁S2層形成の制御メカニズム
  • 2019 - 2023 位置情報レコーディングによる多細胞システム解析
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論文 (46件):
  • Yuji Nakamura, Issei S Shimada, Reza Maroofian, Micol Falabella, Maha S Zaki, Masanori Fujimoto, Emi Sato, Hiroshi Takase, Shiho Aoki, Akihiko Miyauchi, et al. Biallelic null variants in PNPLA8 cause microcephaly by reducing the number of basal radial glia. Brain. 2024
  • Zhaonan Zou, Tazro Ohta, Shinya Oki. ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data. Nucleic Acids Research. 2024. 52. W1. W45-W53
  • Mengying Cui, Koji Yamano, Kenichi Yamamoto, Hitomi Yamamoto-Imoto, Satoshi Minami, Takeshi Yamamoto, Sho Matsui, Tatsuya Kaminishi, Takayuki Shima, Monami Ogura, et al. HKDC1, a target of TFEB, is essential to maintain both mitochondrial and lysosomal homeostasis, preventing cellular senescence. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2024. 121. 2
  • Zhaonan Zou, Yuka Yoshimura, Yoshihiro Yamanishi, Shinya Oki. Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data. Epigenetics & Chromatin. 2023. 16. 1. 34
  • Kazuo Miyazawa, Kaoru Ito, Masamichi Ito, Zhaonan Zou, Masayuki Kubota, Seitaro Nomura, Hiroshi Matsunaga, Satoshi Koyama, Hirotaka Ieki, Masato Akiyama, et al. Cross-ancestry genome-wide analysis of atrial fibrillation unveils disease biology and enables cardioembolic risk prediction. Nature Genetics. 2023
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MISC (6件):
  • 鄒 兆南, 沖 真弥. ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜. JSBi Bioinformatics Review. 2023. 4. 1. 1-9
  • ZOU Zhaonan, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. 投薬による遺伝子発現変動と大規模ChIP-seqデータの統合解析を駆使した薬剤作用標的となる転写因子の探索. 日本薬学会年会要旨集(Web). 2021. 141st
  • 岩田通夫, 沖真弥, 山西芳裕. 多層オミクス解析による遺伝子発現機構のディジーゾーム解析と治療薬探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
  • 江口凌平, 濱野桃子, 岩田通夫, 中村透, 沖真弥, 山西芳裕. パイオニア転写因子を考慮したデータ駆動型ダイレクトリプログラミング. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
  • 鄒兆南, 岩田通夫, 山西芳裕, 沖真弥. 遺伝子発現制御に着目した薬剤摂動トランスクリプトームと大規模ChIP-seqデータの統合解析による薬剤作用ターゲット探索. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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特許 (2件):
  • 核酸断片及びその使用
  • オリゴヌクレオチド、オミクス解析方法及びオミクス解析用キット
書籍 (14件):
  • ChIP-Atlas 2.0 - 転写制御機構&エピゲノムランドスケープを可視化する
    実験医学 2022
  • 光を用いた空間トランスクリプトーム計測
    生体の科学 2022
  • 空間トランスクリプトミクス
    生物工学会誌 2022
  • Photo-Isolation Chemistry: PIC法を用いた微小細胞集団での遺伝子発現解析
    月刊「細胞」 2022
  • 光単離化学による高深度かつ高解像度トランスクリプトーム解析
    生物物理 2022
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講演・口頭発表等 (140件):
  • エピゲノムアトラスを創って薬の作用機序をひも解く
    (The 201st Scienc-ome 2024)
  • オルガネラのトランスクリプトーム解析
    (第76回日本細胞生物学会大会 2024)
  • ChIP-Atlas ハンズオンセミナー
    (早稲田大学先進理工学部セミナー 2024)
  • PIC: 局所領域に対する高深度RNA-seq技術
    (千里ライフサイエンス技術講習会 2024)
  • エピゲノミクスデータの統合解析による先天異常や薬物作用機序の理解
    (scChmeRISC 2024 2024)
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Works (2件):
  • ChIP-Atlas
    沖真弥 2015 -
  • SraTailor
    沖真弥 2014 -
学歴 (3件):
  • 2002 - 2007 大阪大学 医学研究院 博士後期課程
  • 2000 - 2002 大阪大学 工学研究院 修士課程
  • 1996 - 2000 大阪大学 工学部 応用生物工学科
学位 (1件):
  • 博士(医学) (大阪大学)
経歴 (8件):
  • 2024/04 - 現在 熊本大学 大学院医学教育部 教授(兼任)
  • 2024/04 - 現在 熊本大学 生命資源研究・支援センター 教授
  • 2023/10 - 2024/03 熊本大学 生命資源研究・支援センター クロスアポイントメント教授
  • 2020/04 - 2024/03 京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座 特定准教授
  • 2019/10 - 2023/03 科学技術振興機構(JST) さきがけ研究員
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委員歴 (4件):
  • 2018/04 - 現在 日本メディカルAI学会 評議委員
  • 2022/04 - 2024/03 日本バイオインフォマティクス学会 理事
  • 2020/04 - 2021/03 文部科学省 科学技術・学術政策研究所(NISTEP) 専門調査員
  • 2020/04 - 2020/09 第9回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2020) プログラム委員
所属学会 (4件):
日本メディカルAI学会 ,  日本発生生物学会 ,  日本分子生物学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会
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