研究者
J-GLOBAL ID:201501041956423540
更新日: 2024年02月01日
宮下 尚之
ミヤシタ ナオユキ | Miyashita Naoyuki
所属機関・部署:
職名:
准教授
その他の所属(所属・部署名・職名) (3件):
-
国立研究開発法人理化学研究所
生命機能科学研究センター
客員研究員
-
国立研究開発法人理化学研究所
計算科学研究機構
客員研究員
-
電気通信大学大学院
基盤理工学専攻
客員准教授
ホームページURL (1件):
http://www2.miyashita-lab.net
研究キーワード (6件):
AI for biophysics
, シミュレーション
, Molecular mechanism of Alzheimer's disease
, replica-exchange
, 混合膜
, ラフト
競争的資金等の研究課題 (9件):
- 2021 - 2024 フラビウイルス科の各ウイルスを厳密に区別できるモノクローナル抗体の開発
- 2021 - 2024 血液凝固機能を阻害する非天然型DNAアプタマー薬剤の構造とヌクレアーゼ耐性機構
- 2021 - 2024 分子シミュレーションを用いたアルツハイマー病におけるAβ産生の起点機構の詳細解明
- 2019 - 2021 進化工学的および分子動力学的手法による新規ゲノム編集システムの創出 (NEDOスマートセルプロジェクト)
- 2017 - 2020 分子シミュレーションによるアルツハイマー病初期分子機構への生体膜環境の影響解析
- 2016 - 2019 再委託:進化工学的および分子動力学的手法による新規ゲノム編集システムの創出 (NEDOスマートセルプロジェクト)
- 2014 - 2019 2-(2)-2 構造解析と分子動力学計算を用いた合理的分子設計によるゲノム編集酵素の改良
- 2014 - 2016 膜タンパク質複合体予測の為の基盤ソフトウエア開発と疾患関連膜タンパク質への応用
- 2012 - 2013 シミュレーションによる混合膜中の膜タンパク質間相互作用機構の解明
全件表示
論文 (58件):
-
M. Ottawa, N. Miyashita. Interaction between PET tracer and the specific residues around the gate of the open form of Monoamine Oxidase B (MAO-B). Journal of Physics: Conference Series. 2022. 2207. 012025
-
L. Matsukura, N. Miyashita. Simulation study of the function of domain swapping in the HSP90 chaperone cycle. Journal of Physics: Conference Series. 2022. 2207. 012024
-
Lisa MATSUKURA, Naoyuki MIYASHITA. Simulation Study of the Stability of Heat Shock Protein 90 (HSP90) and Co-chaperone p23 Complex. Journal of Computer Chemistry, Japan. 2021. 20. 3. 94-96
-
和田 直樹, 村上 愛美, 丸井 和也, 宮下 尚之, 刑部 祐里子, 刑部 敬史. 新規ゲノム編集ツールTiDを用いたヒト細胞でのゲノム編集. 日本生物工学会大会講演要旨集. 2021. 2021年. 103-103
-
Naoyuki Miyashita, Yasushige Yonezawa. Mutual information analysis of the dynamic correlation between side chains in proteins. The Journal of Chemical Physics. 2021. 155. 4. 044107-044107
もっと見る
MISC (23件):
-
松倉里紗, 大西庸嵩, 古江祐也, 宮下尚之, 白木琢磨, 米澤康滋. DFHBIの有無によるリボスイッチSPINACH中のイオンの動力学への影響. 日本物理学会講演概要集(CD-ROM). 2019. 74. 2
-
Naoyuki Miyashita, Nobutaka Onishi, Masaya Furue, Takuma Shiraki, Yasushige Yonezawa. Dynamics of the gate of DFHBI and ions in riboswitch SPINACH. ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2018. 256
-
Naoyuki Miyashita, Fumiko Ogushi, Yuji Sugita. Raft environments assist the aggregation of the transmembrane region of Amyloid Precursor Protein. ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY. 2015. 249
-
梶川瑞穂, LI Pai-Chi, 木村美奈子, 青木(川住)雅美, 水戸麻理, 宮下尚之, 杉田有治, 石戸聡. 膜貫通型E3ユビキチンリガーゼMIRファミリーによる基質認識. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2014. 37th. WEB ONLY 1P-0393
-
宮下 尚之, 小串 典子, 杉田 有治. 27aKN-9 アミロイド前駆体タンパク質(APP)の膜貫通領域とコレステロールとの相互作用(化学物理・生物物理(電子系・分子シミュレーション等),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理)). 日本物理学会講演概要集. 2013. 68. 2. 317-317
もっと見る
講演・口頭発表等 (189件):
-
Deep Neural Networkを用いたレプリカ温度調整法の開発
(日本物理学会2023年春季大会 2023)
-
共有結合型ペプチド薬剤とGST二量体との相互作用機構
(日本物理学会2023年春季大会 2023)
-
DNNベースのタンパク質モーフィング手法を用いたモノアミン酸化酵素のダイナミクス解析
(日本物理学会2023年春季大会 2023)
-
HPCを用いたアルツハイマー病関連タンパク質γ切断酵素とコレステロールとの相互作用
(超異分野学会東京大会2023 2023)
-
MOLECULAR DYNAMICS STUDY OF THE MECHANISM OF THE CLIENT UNFOLDED PROTEIN DELIVERY FROM HSP40 TO HSP70
(Biophysical Society Annual Meeting BPS2023 2023)
もっと見る
学歴 (3件):
- 1999 - 2003 総合研究大学院大学 数物科学研究科 機能分子科学専攻
- 1997 - 1999 電気通信大学大学院 電気通信学研究科 電子物性工学専攻
- 1992 - 1997 電気通信大学 電気通信学部 電子物性工学科
学位 (1件):
経歴 (16件):
- 2018/04 - 現在 電気通信大学大学院 情報理工学研究科 基盤理工学専攻 客員准教授
- 2018/04 - 現在 理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員研究員
- 2017/04 - 現在 近畿大学 生物理工学部 生命情報工学科(学科名変更) 准教授
- 2016/04 - 現在 近畿大学大学院 生物理工学研究科 生体システム工学専攻 准教授
- 2015/08 - 現在 理化学研究所 計算科学研究機構 客員研究員
- 2015/04 - 2018/03 理化学研究所 生命システム研究センター 客員研究員
- 2015/04 - 2017/03 近畿大学 生物理工学部 システム生命科学科 准教授
- 2011/04 - 2015/03 独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構 研究員(兼務)
- 2011/04 - 2015/03 独立行政法人理化学研究所 生命システム研究センター 研究員
- 2013/07 - 2013/07 神戸大学大学院 理学研究科 非常勤講師
- 2011/04 - 2013/03 独立行政法人理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム・次世代生命科学研究開発プロジェクト 研究員(兼務)
- 2007/12 - 2011/03 理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム・次世代生命科学研究開発プロジェクト 研究員
- 2007/04 - 2007/11 岐阜大学 人獣感染防御研究センター 助教
- 2005/04 - 2007/03 ボストン大学 化学科 リサーチ・アソシエート
- 2003/04 - 2005/03 東京大学 分子細胞生物学研究所 学術研究支援員(ポスドク)
- 2001/06 - 2003/02 岡崎国立共同研究機構 リサーチアシスタント
全件表示
委員歴 (1件):
- 2003/09 - 2005/08 日本物理学会 第54,55期 代議員
所属学会 (8件):
日本ゲノム編集学会
, 日本物理学会
, 日本分子生物学会
, アメリカ生物物理学会
, アメリカ化学会
, 日本生物物理学会
, 理論化学会
, 日本蛋白質質科学会
前のページに戻る