文献

J-GLOBAL ID：201502200508197232   整理番号：15A0928999

Pinctada fucata martensii Dunkerのトランスクリプトームのデータ再はより多くの情報【Powered by NICT】

Data Reassembling Reveals More Information of Transcriptome for Pinctada fucata martensii Dunker

著者 (5件)： Chen Qiong (Key Lab. of Tropic Biological Resources, Ministry of Education, Hainan Key Lab. of Tropical Hydrobiological Technol. ...) ,  Gu Zhifeng (Key Lab. of Tropic Biological Resources, Ministry of Education, Hainan Key Lab. of Tropical Hydrobiological Technol. ...) ,  Wang Aimin (Key Lab. of Tropic Biological Resources, Ministry of Education, Hainan Key Lab. of Tropical Hydrobiological Technol. ...) ,  Zhan Xin (Key Lab. of Tropic Biological Resources, Ministry of Education, Hainan Key Lab. of Tropical Hydrobiological Technol. ...) ,  Shi Yaohua (Key Lab. of Tropic Biological Resources, Ministry of Education, Hainan Key Lab. of Tropical Hydrobiological Technol. ...)
資料名： Yuye Kexue Jinzhan  (Yuye Kexue Jinzhan)
巻： 35  号： 6  ページ： 97-102  発行年： 2014年 
JST資料番号： C2028A  ISSN： 1000-7075  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： アコヤガイ,Pinctada fucata martensii,生物鉱化作用の研究のための理想的な動物であった。マントルと真珠袋は,シェルおよび真珠のバイオミネラリゼーションに関与する二つの重要な組織であった。本研究では,マントルと真珠袋の454ピロシークエンシングのトランスクリプトームデータを再構築した。データの源は,我々自身の研究室における研究,他の研究者の報告,NCBIからのEST(発現配列タグ)を含んでいた。BLASTと遺伝子オントロジー解析を行い,CLC Genomics Workbench5再集合コンティグを解析した。再構成は522bpの平均長及び4144bpの最大長をもつ30266のコンティグを作成した。非冗長(NR)データベースに対するブラスト分析により,この10~より小さいE値と2310のコンティグ(-5),その中の1902コンティグはHomo sapiens,Mus musculus,Strongylocentrotus purpuratus,Caenorhabditis elegans,Danio rerio,Drosophila melanogaster(キイロショウジョウバエ),Crassostrea gigasとアコヤガイのモデル動物の少なくとも一つの相同配列を有していたことを明らかにした。GO注釈は,3846のコンティグが23のサブカテゴリーの生物学的過程の最もコンティグを用いたトップ三サブカテゴリーは代謝過程,細胞過程および生物学的調節に特徴づけられることを示した。4601のコンティグは分子機能の11サブカテゴリに特性化でき,そのほとんどコンティグを用いたトップ三は結合,触媒活性,および構造分子活性は2992のコンティグは17種のサブ区分細胞成分に特性化でき,そのうちの上位三は,細胞,オルガネラおよび高分子複合体であった。これらの結果は,P.fucata martensiiのトランスクリプトームコンティグの大きな数であることを示唆した。著者らの研究は,P.fucata martensiiのマントルと真珠袋の中に特に発現遺伝子の大規模スクリーニングに役立つであろう。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： オルガネラ ,  真珠 ,  スクリーニング ,  *トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  アノテーション ,  *アコヤガイ
準シソーラス用語： 発現 ,  トップ ,  動物モデル ,  コンティグ ,  遺伝子オントロジー ,  BLAST ,  発現配列タグ ,  ピロシークエンス法 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 魚類以外の水産動物  (FH02030V)

タイトルに関連する用語 (1件)： トランスクリプトーム