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J-GLOBAL ID：201502202966305705   整理番号：15A0920454

YBYRAは大型系統樹の比較を容易にする

YBYRA facilitates comparison of large phylogenetic trees

著者 (1件)： MACHADO Denis Jacob (Univ. Sao Paulo, Sao Paulo, BRA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 16  号： July  ページ： 16:204 (WEB ONLY)  発行年： 2015年07月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ハイスループットDNAシークエンシングの技術的進展により,系統発生進化学者が比較する系統樹トポロジーの数とサイズは増加している。しかし,多数のターミナルを持つ系統樹の間の比較を容易にするツールはまだ欠落している。結果:”YBYRA”プロジェクトは系統発生学でのデータ解析のためのソフトウェアソリューションを統合する。それは1)共有スプリットまたはクレードの数に基づくトポロジー的距離計算,2)感度解析と自動感度プロット形成,3)異なるカテゴリーの共有派生形質に基づくクレード診断のためのツールから成る。さらにYBYRAはまた4)これらが平均マッチングスプリット距離にどのくらい影響するかに基づく潜在的不良分類群の検索を促進するための独自の枠組みも提供する。結論:YBYRAは,特に大きなデータセットについて,大型系統樹の比較を容易にし,ユーザビリティと時間効率に関して競合ソフトウェアよりも優れている。本ツールキットを構成するプログラムはPythonで書かれており,そのためこれらをインストールする必要はなく,最小の依存性である。プロジェクト全体はhttp://www.ib.usp.br/grant/anfibios/researchSoftware.htmlにおいてオープンソースライセンス下で利用可能である。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *解析 ,  系統樹 ,  生物学 ,  感度解析 ,  研究 ,  使用性 ,  オブジェクト指向言語 ,  ソフトウェア
準シソーラス用語： *DNAシークエンシング ,  Python言語 ,  オープンソース ,  ハイスループット塩基配列決定 ,  ユーザビリティ ,  感受性解析 ,  *系統樹解析 ,  系統発生樹 ,  系統発生分析 ,  進化学 ,  比較研究 ,  分類群

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (2件)： 大型 ,  系統樹