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J-GLOBAL ID：201502204778553338   整理番号：15A1311988

全ての配列特徴を機能的マイクロRNA-mRNA相互作用予測に統合する

Integrating full spectrum of sequence features into predicting functional microRNA-mRNA interactions

著者 (4件)： WANG Zixing (Univ. Texas Health Sci. Center at Houston) ,  XU Wenlong (Univ. Texas Health Sci. Center at Houston) ,  LIU Yin (Univ. Texas Health Sci. Center at Houston) ,  LIU Yin (Univ. Texas Graduate School of Biomedical Sci., Texas, USA)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 21  ページ： 3529-3536  発行年： 2015年11月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 機能的マイクロRNA(miRNA)-mRNA相互作用検出のための適応可能なLasso法に基づく正規化回帰法が提唱された。このモデルは,miRNA-mRNA相互作用とそれらの発現値に関する1セットの配列特徴から,各々のmiRNAの標的に対するダウンレギュレーション効果を定量化し,同時に,機能的なmiRNA-mRNA相互作用予測に対する各々の配列特徴の寄与を推定できる。このモデルを2つのがん研究に適用した。その予測結果は,他の方法と比較して,より良い感度と選択性を示し,生物学的意味も大きいことがわかった。このソフトウエアのソースコードは,http://nba.uth.tmc.edu/homepage/liu/miRNALassoで入手可能である。

シソーラス用語： アンチセンスRNA ,  配列 ,  特性 ,  *mRNA ,  *相互作用 ,  予測 ,  統合 ,  検出 ,  回帰モデル ,  遺伝子発現 ,  ターゲット ,  ダウンレギュレーション ,  腫瘍 ,  感度 ,  選択性
準シソーラス用語： miRNA ,  *マイクロRNA ,  寄与率 ,  定量化 ,  特徴

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： マイクロRNA ,  mRNA ,  相互作用 ,  予測 ,  統合