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J-GLOBAL ID：201502204800469426   整理番号：15A0601915

時間と共に変化する遺伝子ネットワークのための正確で発見的なネットワーク構築法

Exact and Heuristic Methods for Network Completion for Time-Varying Genetic Networks

著者 (2件)： NAKAJIMA Natsu (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  AKUTSU Tatsuya (Kyoto Univ., Kyoto, JPN)
資料名： BioMed Research International (Web)  (BioMed Research International (Web))
巻： 2014  号： Bioinformatics  ページ： 684014 (WEB ONLY)  発行年： 2014年 
JST資料番号： U7008A  ISSN： 2314-6133  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的ネットワークの頑強性は,生存システムにとり重要な性格である。システムは,内的および外的動揺に対応して機能を維持し,様々な遅れを伴いつつネットワーク中に位相幾何学的変化を引き起こす。筆者らは,生物学的ネットワークの柔軟性を理解するために,完成したネットワークの骨組みを基にして,ネットワークの改造を最低限に抑えることで,得たデータに最も整合性を保つ新しい時間依存性ネットワーク分析研究法を提案した。筆者らが以前作成した固定型ネットワークを拡張し,新しい時間依存性ネットワーク完成法を開発した。特に筆者らは二重動的プログラミング技術を採用し,経時変化および必要な改変を同定した。この拡張法は,解決法の最適化を保証するが,計算効率は相対的に低い。この問題を解決するために,筆者らはミニマム最小二乗エラーの計算速度を短縮する革新的な方法を開発した。この方法の効率を,計算機の実験で合成データおよび実際のマイクロアレイ遺伝子発現データを使い提示した。その結果筆者らの方法は,遺伝子に関連すると推測されるネットワークの,時間により変化する構造の作成に高い成果を示した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ネットワーク ,  位相幾何学 ,  柔軟性 ,  時間依存性 ,  自動プログラミング ,  最小二乗法 ,  バイオチップ ,  遺伝子発現 ,  多重プログラミング ,  動的計画法 ,  マイクロアレイ ,  *遺伝子ネットワーク ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： 二重動的プログラミング

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (3件)： 遺伝子ネットワーク ,  発見 ,  ネットワーク構築