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J-GLOBAL ID：201502205049715375   整理番号：15A1275961

アミド水素結合解析に基づくMDシミュレーションからの水素交換防御因子の推定

Estimation of Hydrogen-Exchange Protection Factors from MD Simulation Based on Amide Hydrogen Bonding Analysis

著者 (10件)： PARK In-Hee (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  VENABLE John D. (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  STECKLER Caitlin (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  STECKLER Caitlin (Joint Center for Structural Genomics, California, USA) ,  CELLITTI Susan E. (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  LESLEY Scott A. (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  LESLEY Scott A. (Scripps Res. Inst., California, USA) ,  LESLEY Scott A. (Joint Center for Structural Genomics, California, USA) ,  SPRAGGON Glen (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA) ,  BROCK Ansgar (Genomics Inst. of the Novartis Res. Foundation, California, USA)
資料名： Journal of Chemical Information and Modeling  (Journal of Chemical Information and Modeling)
巻： 55  号： 9  ページ： 1914-1925  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： A0294A  ISSN： 1549-9596  CODEN： JCISD8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アミド水素結合モードの分類に基づく水素交換質量分析予測法について示した。本法では,分子動力学(MD)シミュレーションスナップショットからのNH結合配置の解析を用いて,結合および非結合のNH状態の分配を決定し,ロジスティックス成長関数を用いて防御因子に直接マッピングした。予測した防御因子をペプチドの重水素化値の計算に用い,実験データと比較した。本法を,種々のpHおよび温度において収集した脂肪酸シンターゼチオエステラーゼの水素交換質量分析データに適用したところ,観察可能なフラグメントペプチドに関する予測と実験の間の高い相関が観察された。水素交換モデリングにより実験的解明が改善されることが示され,MDからの予測と相関することが分かった。以上より,本法は利用可能な構造およびモードに基づく水素交換質量分析データの解釈に有用であることが示された

シソーラス用語： カルボニル化合物 ,  *水素結合 ,  計算機シミュレーション ,  交換反応 ,  モード解析 ,  *質量分析 ,  データ収集 ,  脂肪酸シンターゼ ,  チオエステラーゼ ,  ペプチド
準シソーラス用語： *アミド【有機化合物】 ,  スナップショット ,  ペプチド断片 ,  *結合モード解析 ,  *水素交換 ,  *分子動力学シミュレーション ,  *防御因子

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (7件)： アミド ,  水素結合 ,  解析 ,  MDシミュレーション ,  水素交換 ,  防御因子 ,  推定