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J-GLOBAL ID：201502205057184249   整理番号：15A0762940

bbcontacts 直接結合パターンからのβ鎖対合の予測

bbcontacts: prediction of β-strand pairing from direct coupling patterns

著者 (4件)： ANDREANI Jessica (LMU Munich, Munich, DEU) ,  ANDREANI Jessica (Max Planck Inst. for Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU) ,  SOEDING Johannes (LMU Munich, Munich, DEU) ,  SOEDING Johannes (Max Planck Inst. for Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU)
資料名： Bioinformatics  (Bioinformatics)
巻： 31  号： 11  ページ： 1729-1737  発行年： 2015年06月01日 
JST資料番号： T0478A  ISSN： 1367-4803  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多重配列アラインメント(MSA)が構築されたならば,蛋白質のde novoモデルを作ることが可能となった。大域的統計ネットワーク解析法は,カラムの直接対合により観測されたMSAにおけるカラム間の相関を説明できた。強い結合は残基-残基接触を示し,予測された接触からその構造を計算することができた。結合の雑音の多いマトリックスにおいて特徴的パターンに導く対合β鎖の構造規則性を利用した。β-β接触は単一接触より信頼性高く検出され,MSAに必要な配列数を減少させた。隠れMarkovモデルを用いた結合スコアの2Dマップにおける特徴的パターンの検出により,bbcontactsはβ-β接触を予測した。

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *アミノ酸配列 ,  *アラインメント ,  *対合 ,  タンパク質 ,  解析 ,  ネットワーク ,  基 ,  立体配座
準シソーラス用語： ネットワーク解析 ,  残基 ,  *多重配列アラインメント

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  ネットワーク法  (KA03040X) ,  計算機ソフトウエア一般  (JD01010K)

タイトルに関連する用語 (2件)： 対合 ,  予測