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J-GLOBAL ID：201502205245428503   整理番号：15A1184648

核酸塩基スタッキングに対する経験モデル対高精度ab initio法の評価:電荷摂動の重要性を評価すること

Assessment of Empirical Models versus High-Accuracy Ab Initio Methods for Nucleobase Stacking: Evaluating the Importance of Charge Penetration

著者 (2件)： PARKER Trent M. (Georgia Inst. of Technol., Georgia, USA) ,  SHERRILL C. David (Georgia Inst. of Technol., Georgia, USA)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 11  号： 9  ページ： 4197-4204  発行年： 2015年09月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子力学力場モデルは小さなπスタック系における非共有相互作用に対して高品質のab initio相互作用エネルギー(IE)データの再現に困難がある。核酸塩基間のπスタッキング相互作用で同様の困難に遭遇するかどうかに取り組んだ。標準的なB-DNA形状における二つの核酸塩基の間のスタッキング相互作用と全ポテンシャルエネルギー面(PES)スキャンの詳細な比較はAMBERとCHARMMモデルがエネルギー的に到達可能なPESの多数にわたって質的に正しいことを示唆した。標準的なB-DNA形状で性能が最高で,IEの平均絶対誤差は1kcal/molより下である。

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  *核酸塩基 ,  *ポテンシャルエネルギー面 ,  B-DNA ,  ab initio法 ,  モデル ,  エネルギー ,  分子内力学 ,  力の場 ,  誤差 ,  誤差解析 ,  プログラムパッケージ
準シソーラス用語： AMBER ,  CHARMM ,  *πスタッキング ,  *スタッキング相互作用 ,  経験モデル ,  絶対誤差 ,  相互作用エネルギー ,  分子力学法

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  物理化学一般  (CB01010X)

タイトルに関連する用語 (7件)： 核酸塩基 ,  スタッキング ,  経験モデル ,  評価 ,  電荷 ,  摂動 ,  重要性